温馨提示：请点击标题下方蓝色“实验万事屋”，或者点击下面的指纹，添加关注后，发“嗯”可以查看我们之前的文章。

我叫骨头，是莫愁师姐的师妹，也是郭大侠的大腿挂件。可能大家根本上还没理解，郭大侠讲的岳大师ENCODE有啥用，我这里只能笑笑。作为郭大侠的大腿挂件，我来给你们演示一下，如何用ENCODE挖一个课题出来。

说要挖课题，当然首先要去数据库里挖一个芯片出来，用之前给大家介绍过的ArrayExpress（http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/）来找芯片数据。我们就随便搜一个肝癌的，按照之前描述的，找到有atlas的芯片，然后下载数据（不知道怎么整的点这里）。

把数据导入到神器中，啥神器？（别问我，点这里）

然后进行分析，获得差异表达的基因。

接着点到ENCODE，搜索“H3K4me3 Liver”，为啥是搜H3K4me3？因为这个代表了染色质上组蛋白3的第4位赖氨酸（一般认为H3K4的甲基化是染色质松散的标志），染色质松了当然就方便转录因子结合，促进了转录咯，说白了就是转录激活的表观遗传学标志。

好了，按照郭大侠的操作方式一步步操作(不懂的就点这里)。点击一下这个GRCh38，就直接进入到UCSC界面了。

进去后，输入要搜的差异表达的基因，第一个是MAGEA12，然后：

呃，这个基因并么有什么表观的变化，可以不考虑，那我们再输入下一个：PUS7

然后发现在转录起始去有明显的H3K4的三甲基化变化。

放大点，就更明显。也就是说在普通肝脏细胞中，PUS7的表达受到了H3K4甲基化的影响。而肝癌细胞中PUS7表达量下降，很有可能是因为表观变化，也就是H3K4的甲基化变化造成的。

于是我们就随手编了一个课题《PUS7启动子H3K4三甲基化对肝癌形成的影响》。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：骨头编的课题看上去是那么回事，但是还是有很多缺陷的。首先这个PUS7是现凑的，在芯片挖掘后，需要有进一步的验证，并参考这个基因是否在明星通路上可能起到一定的作用后，再考虑表观变化。其实PUS7我查了一下，研究很少，也未必和明星分子有关。当然如果确定了，其可能具有关键作用后，分析表观遗传对它的表达关系，可能就是突破口了。

当然，编完这样的课题，下一步，就只有两个字：烧钱……好了，今天就先策到这里吧。

万事屋出售的课程及服务（点击下方即可查看，客服微信号阿可：zz76770309）

正版特价书               《meta简明教程》         《SCI写作教程》          《SCI制图》     标书写作教程       科研小软件汇总       第30期全国SPSS统计软件研习班正式开始招生（上海，9月23-25日）