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要是我有一堆基因,想知道他们的转录因子,要怎么整?

2017-07-11 右哉 实验万事屋

如果我知道了一堆基因的启动子,是不是就能知道调控这些启动子的转录因子呢?对,就是把转录因子找出来。


于是给你们介绍这款简单的软件,叫BETA……嗯,不是开坦克那个……

这个软件,主要用于分析启动子上的转录因子。啥?听多了是吧,我有一个你应该认真学会这个工具的理由,不过今天我不会告诉你,我只能说,今天的不认真看,以后就后悔了……嗯,是这样的……


这个软件可以下载,当然,也可以在网页上应用。就是要到这个盖乐世/西斯特罗姆上去,当然这个里面整合了很多功能,我们只用其中的beta就够了。

首先导入你的数据,这个数据必须是酱婶格式的,千万不能变哦,这个格式是指示序列所在染色体的位置,其实这个是用来分析ChIP-Seq的软件。

蓝后,选择BETA下面的Motif里的SeqPos Motif Tool。

你会看到这样的界面,这个工具是通过Tranfac,JASPAR这些数据库来具体分析的,好了,选上就行了。

最后,你就会得到一个这样的结果,这些序列所对应的转录因子,主要就是这些了……

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士:有人想知道,学会这个能干嘛?当然能有不同的作为啦,这是一种分析mRNA表达芯片的套路,分析差异基因,挖掘导致这些基因表达差异的转录因子。如果机智的同学,可能就已经知道我为什么这么分析了。好了,今天就先策到这里吧,下次再告诉你,要怎么用这个来挖转录因子。要知道这个网址,就回复“BETA”就行了……




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