Nat Med.血浆和尿液cfDNA甲基化标志物助力肾癌早筛

表观组伯豪生物 2022-08-30

标题：

期刊、影响因子：Nat Med.（53.440）

导读

2020年6月哈佛医学院癌症研究所团队通过对液体活检样本血浆和尿液中的游离肿瘤DNA（ctDNA）进行表观遗传学分析提供了一种肾细胞癌（RCC）无创早筛的方法[1]。作者首次针对肾细胞癌血浆样本使用cfMeDIP-seq技术进行ctDNA全基因组甲基化谱的标志物筛选，结果显示可以实现对RCC患者和健康对照的准确分类。同时还扩展了基于cfDNA甲基化的生物标志物在尿液中检测癌症的潜力。

科学问题

事实上，大约35%的肾细胞癌(RCC)病例是在疾病蔓延到肾脏以外时被诊断出来的，在普通人群中没有FDA批准的血液或放射学筛查试验用于RCC筛查。RCC是一种恶性肿瘤，仅在美国每年就有超过15000人死于癌症。目前还没有临床验证的用于癌症检测的非侵入性生物标志物。影像学检查费用昂贵，病人需要接受不必要的放射治疗，而且并不总是能准确区分良性和恶性肾脏肿瘤。如果能通过一种准确、高灵敏度和特异性的非侵入性检测或与影像学结合的方法实现早期发现，可以减少不必要的肾活检和肾切除术，改善临床管理。

实验设计

⚫ 样本类型：血浆和尿液

⚫ 分组分析：99例I-IV期RCC患者；21例IV期尿路上皮性膀胱癌(UBC)患者；28例健康无癌对照患者

⚫ 技术手段：cfMeDIP-seq

实验思路

实验结论

基于cfDNA甲基化差异分析总览图。为了评估cfDNA DMR对患者的准确分类的能力，首先随机选取80%的病例和对照样本作为训练集，并在病例和对照训练样本中选取前300个DMRs，再基于前300 DMRs构建分类器。

前300 DMRs可清晰区分的血浆RCC和血浆对照(图2A)、血浆RCC和血浆UBC样本(图2B)、尿液RCC和尿液对照(图2C)。

RCC的甲基化得分明显高于对照，ROC曲线的AUC值达到0.990。甲基化评分最低的2例RCC患者均为小(T1a) I期透明细胞肿瘤。

为了评价标志物对不同泌尿生殖系统肿瘤的分类性能，作者对RCC和UBC（膀胱移行细胞癌）患者进行了相同的分析，其平均AUROC为0.979(图2f)。

参考文献

[1] Nuzzo P V, Berchuck J E, Korthauer K, et al. Detection of renal cell carcinoma using plasma and urine cell-free DNA methylomes [J]. Nat Med, 2020, 26(7): 1041-3.

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本文为伯豪生物原创

撰稿人：郭清艳

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