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（工具篇）S5E35：如何在不懂生信的前提下挖掘别人的数据？
今天我们介绍一个直接分析肿瘤转录组数据的网站：CRN：Cancer RNA-Seq Nexus。网址：http://syslab4.nchu.edu.tw/index.jsp
打开以后是主页：
这个网站是今年1月份这篇上介绍的：Cancer RNA-Seq Nexus: a database of phenotype-specific transcriptome profiling in cancer cells. 2016 Jan 4;44(D1):D944-51.
这个网站收录了NCBI GEO数据库和TCGA数据库的肿瘤RNA测序数据，并提供了在线分析查询工具。
我们先看界面中各部分的功能：
左侧是肿瘤类型（包括了乳腺癌、肠癌、肝癌、肺癌等28种肿瘤），每个癌种又收录了GEO和TCGA来源的不同研究小组上传的数据
下面我们看通过CRN来实现的功能：以乳腺癌GSE48213数据组下的52个样本为例，52个样本类型为：
分别单击不同亚型，如Basal（14）后，出现Basal分别与Claudin-low，Luminal和Non-malignant的比较
比如Basal分别与Claudin-low的差异分子：选择上调和下调（Updown）、P值小于1E-2（0.01）：
差异mRNA
差异lncRNA
mRNA-lncRNA 共表达网络关系图，可根据mRNA或者lncRNA搜索，导出
那么，如果想看HOTAIR在所有的乳腺癌样本里面的表达情况，在左侧直接单击Breast carcinoma即可
That’s all. Thank you!
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