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如何绘制高大上的RNA二级结构图?

2017-03-06 小张 小张聊科研

我们常常在文章里面见到各种高大上的RNA二级结构图,比如:

今天我们就来介绍一个用来预测或者查询RNA二级结构的网站:


RNA structure: http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/

在打开的界面中,我们选择第一行:Predict a Secondary Structure

在弹出的界面里,我们用网站自带的例子(注意:输入的序列长度不能超过2500nt),单击here:

其它参数不变,最后单击Submit Query:

就开始计算了:


计算好了以后我们可以输入网址查看:

例子中由于序列比较短,只有76nt,结果图看起来还不错,如果序列太长的话图就有些难看,比如:

实在是太丑了,我们把序列减少到300nt左右后,结果就好看了:


当然,除了RNA structure以外,还有其它的网站,比如:



RintD

后面这些软件大家可以通过网站rtools预测:http://rtools.cbrc.jp/



That's all. Thank you!


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