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Cytoscape十讲之下载安装及使用

生信技能树 生信技能树 2022-06-06

Cytoscape十讲之网络图的认知

Cytoscape的功能集中于两点,一个是展示蛋白/其他features间的网络图,一个使用app里的小工具分析,界面操作性相对简单(肯定比PS简单)。

官网


https://cytoscape.org/;搜索Cytoscape进入官网。

软件最好更新一下,因为不同软件版本,相同按钮的软件中的位置不太一样。


下载


直接点击Download 3.7.1,可以下载最新版本。

软件有点大,几百M。

安装


JAVA安装:java8是否已安装?
如果没有安装或环境变量的配置等,安装Cytoscape时候点击提示出:是否安装java,点击是即可。

其他默认安装就可以,可以更改安装目录。(但不建议瞎改)

界面其他链接


如图。

  • open source:可以找到不同系统(mac/Linux/Wins)释放的不同版本

  • Release Notes:找到释放的不同版本

  • Samples Visualizations:展示出软件可视化图的类型,让你看看不同版本,软件能做什么图

  • cytoscape-tutorials:重点!

  • Cytoscape manual:可以查看Cytoscape的网页端学习手册

  • Cytoscape YouTube channel:你们可以试试能不能打开

  • Documentation for users:可以获得更多学习材料,如

    • 3.x PDF Version:本地下载帮助手册,目前3.6版本的手册249页!!!(自学)

    • 其他软件内启动Cytoscape等


Cytoscape 的核心是网络,简单的网络图包括节点(node)和线/边/连接(edge)

界面介绍



参数


全部适用于点/线的参数,我们可以称之为默认参数。
根据某些属性调节的参数带来的渐变或者离散的变化(这个属性,你可以在文件中自己添加一列)。
选中某些/个/条调节后适用的变化,如特定一条线型需要设置为波浪线。


Node调节的内容


节点:就是线线焦点
    形状:圆型、正方形等
    填充:Fill color
    高度:Height
    宽度:Width
边界:节点周围是否再涂边,比如一个圆,如果边界线全是灰色实线,现可调整为不同粗细线,不同颜色线,不同形状线条的属性。
    描边后的边界形状:比如虚线实线、波浪线
    边界颜色:渐变/离散颜色的属性
    边界宽度:
标签
    标签/字体的颜色、大小属性
不常用:
在节点上添加图片/表/误差棒等数据:Image/Chart 1
节点透明度:Transparency


Edge调节的内容


线的形状:Line Type  可以设置全部,根据属性设置渐变/筛选、或者设置某一条
线的宽度:Width

线的source形状:Source Arrow Shape--是否有箭头,默认没有,箭头是何种形式线的source颜色:source Arrow Unselected Paint
线的target形状:Target Arrow Shape
线的target颜色:默认黑色,Target Arrow Unselected Paint

线的透明度:Transparency

线里的Label:
    设置线内的标签Label;好比节点内能写字/标签,那线也是有空间的
    这是线内标签的颜色Label Color,大小Label Font Size


工具栏


大家自己加载示例网络图,可以随便试一下工具栏的参数,这不做图片的截图介绍


快捷操作栏


直接上图


网络图参数的设置


导入图片后,需要设置target和source等参数

下面展示了style里Node和Edge的部分设置,学会一个参数的三种变化的设置(即上面参数的介绍),其他是相同的,只是功能不一样,这里需要大家摸索,自己尝试一下,就像摸索下载的一个美图软件一样。


导入数据



Style介绍

Style设置也就是Cytoscape的核心设置。Style的默认设置是第一排第二个红框,可以选择导入的格式;Properties可以勾选展示的设置选项,展示出来,即可进行相关设置;最大的红框即核心设置选项,包括了三部分设置,Node,Edge,network的设置(左下角进行选择),每一部分都是该部分的设置按钮,需要重点学会!


Node设置示例


比如Node里的“Border paint”颜色,修改描边颜色。

  • 第一个按钮白色是默认描边为白色。

  • 第二个按钮,点击后就可以选择Type属性,根据文本里具有该列的属性来设置,当前选择离散设置(Discrete Mapping),分别手动设置三种Type设置为红绿蓝。

  • 第三个按钮,一般是对选择部分进行设置。

同样的做法,如果你需要设置“Border Width”,也可以设置描边的宽度,默认是“0.0”,即第一个按钮的设置;第二个按钮设置Type属性关联部分描边的Node,根据Type属性来更改默认,比如你可以设置具有Type1的Width为8,具有Type2的Width为8,具有Type3的Width为8,那么不具有Type属性的Width为默认0。第三个按钮也是设置选择的Node的边,小伙伴们可以试一下~,反正我是没需求测试过这个按钮,Node的某一条性状的设置我还可以用一下~~~~

Node的大小设置如下,通常我们不会再设置离散了,但是这样得根据设置的属性来判断;通常不设置离散(也是英文Discrete),是因为属性是数值,而且有数字一般都是慢慢变大,这个有点类似于数量性状和质量性状的一点区别;因此大小我们通常设置渐变,选择“Continuous Mapping”


Edge设置示例

对节点之间的线条的设置,诸如颜色,可以在“Stroke Color”,对于渐变颜色的设置,双击进去,再单击你要修改的地方,就可以自己修改各种中间色。

对于线条宽度(Width),你也是可以设置的,这里不再赘述,同上;

其次,还可以在线条内编辑信息(Label),同样对于线条内编辑的信息/字体的颜色(Label Color)和大小(Label Font Size)你也可以设置。

同样,线条也是可以和Node一样,设置透明度,范围在0-255。


Network的设置

Network的设置,比如背景色,比如鼠标选择内容的确定。


App功能的介绍

Cytoscape有很多小工具可以用来分析,但是需要先安装,找到“工具栏的Apps”,搜索要安装的小工具,点击“Install”安装功能即可。比如可以分析Go、KEGG,这里先不讲解。(后面会单独介绍各个APP)

其他设置

  • windows电脑,按住ctrl键,左击滑动鼠标可以选择区域

  • 对已经选中的区域,再按住ctrl键,可以不选择一些区域和节点

  • 如果你想设置什么属性给某些区域,加载文本的时候,自己手动补进去一列属性给他一个这样可被区别对待的信息就好了

  • 还有select等里对齐功能,上下对齐,水平对齐等

  • 保存网络图,可以存成PDF,还可以存成.cys格式,保存下来已经存在的修改,方便下次进入继续修改等

  • 导入数据还可以导入选择的数据库的数据,比如你搜索一个TP53,找到想导入的数据库,导入即可分析。

下面的链接选择性观看:

http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/UserManual

http://apps.cytoscape.org/

http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual/Network_Formats

http://www.nature.com/nprot/journal/v2/n10/box/nprot.2007.324_BX1.html

http://www.cytoscape.org/download.php

如果你看不懂上面的图,也不会制作,那么你可能需要下面的学习班:

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