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你还在花三五万做一个单细胞转录组吗?

生信技能树 生信技能树 2022-06-06

年轻的朋友们,不要追热点,沉下心来做科研,单细胞转录组不应该是你课题的全部,他可以是点睛之笔。你错过了仅仅是靠单细胞就可以迅速发CNS的那个时代,不是简单的分群,定义一个新的细胞类型你的课题就结束了,大样本量的单细胞转录组课题消耗经费起码上百万,放弃吧!

十多年前的普通转录组也是如此,那个时候一个转录组样品测序也是一两万块钱,然后随便五六个样本分两组做一下差异分析,富集到通路就是一个文章。但是这些年过去了,转录组已经深入到生命科学领域的方方面面,区别是它不再是唯一的主角,现在转录组不到一千块钱一个样品,只要你有好的课题思路,好的实验设计,让转录组为你的课题增光添彩吧!

生信技能树推荐的转录组服务商

for NGS, we only do RNAseq forever!

最近,我们生信技能树五年前的直播编程活动的一个优秀学员找到了我,希望可以合作, 他依托这些年在各大科研服务公司工作经历,开始创业了。创立的公司名字是钱塘生科,提出的口号是:让监督及曝光成为信任的基础,让第三方质量检测成为实实在在的行业准则。

众所周知,科研服务强烈依赖于沟通,因为绝大部分客户是并没有NGS组学数据分析能力就开启了测序课题,不仅仅是得耗费大量时间去横向对比各大公司:华大,诺禾,贝瑞,博奥,安诺,基迪奥,晶能,联川。这还是叫的上名字的,经常在朋友圈露脸的公司,叫不上名字的更是多如牛毛!比较完了公司,往往还得跟销售勾心斗角,测序数据量选择,样本选择,分析策略选择,往往是到最后不欢而散。我们生信技能树是时候做些什么来改变这个乱象了,不过变革是需要勇气的,得保证自己做得更好才敢喊出来,所以目前仅仅是针对转录组产品线


下面是钱塘生科公司的独白!

每一批样本的制备都是大量时间及精力的投入,一次不可靠的结果往往会导致几个月的科研工作停滞不前。归根结底,科技服务合作建立在甲方对公司有一定信任的基础上。但即便当面沟通又能对公司有多少了解?个人道德判断又能对销售形成多少约束力?我们一直在探索一种新的模式,能否让公司的每一个项目曝光在大众的视野中?甲方对公司的项目能否有监督的机会?

通过和行业内一直从事公益推广的生信技能树平台沟通,平台愿意以自身名誉做风险担保,来推动行业的规范化发展,为小而精的公司提供施展能力的舞台。

在此我们钱塘生科向大家郑重承诺,本公司(钱塘生科)通过生信技能树平台接的每一个项目,都全方位的接受该平台的监督。如有不可调节的冲突,则由平台进行测评。任何一方对测评结果不满,都有权实名委托技能树平台把项目结果及沟通经过发布各大网站、微信群、QQ群进行曝光

转录组3大产品

常规真核转录组测序

策略及平台:PE150,6G数据量(上下浮动10%),navoseq平台
价格:¥979/sample
1.免费提供基于数据结果的项目再次优化
2.项目回款后,返任意¥100/sample的参与赠礼     
3.样本量大于12个客户,免费赠送1个月的R语言线上培训班(四周,每周六及周天各2小时),小于6个样本的参加培训班加收200元

常规miRNA测序

策略及平台:SE50,20M reads,BGIseq500
价格:¥2199/sample
1.免费提供基于数据结果的项目再次优化
2.项目回款后,返¥200/sample的礼品     
3.6个样本以上(含6个样本)免费赠送1个月的R语言线上直播培训班(四周,每周六及周天各2小时)

常规LncRNA测序

策略及平台:PE150,12G clean data,navoseq
价格: ¥3299/sample
1. 免费提供基于数据结果的项目再次优化
2. 项目回款后,返¥300/sample的礼品     
3. 6个样本以上(含6个样本)免费赠送1个月的R语言线上培训班(四周,每周六及周天各2小时)

任何一方在遇到项目冲突时申请第三方质量检测,都需要按照¥20/sample支付平台劳务费(本活动结束后,劳务费恢复¥50/sample)。另外为简化沟通成本、提高效率,本活动所有项目仅接受生信技能树平台作为第三方质量检测单位。我们默认所有委托生信技能树进行质量保证的参与者,都能充分信任技能树能够公平公正的对待每一份信托。

活动规则:

活动时间:7月1号~10月1号
项目数量:第二期活动,我们严格限制参与活动的项目数,90个项目以内。
样本要求:常规科研材料;每个样本送两份以上。
项目合同与公司签订,但是项目款到账后,客户可以选择指定生信技能树创始人jimmy代管,公司提供转账截图。
如暂时无项目,缴纳499元即可预约项目名额,提前享受参加钱塘生科公司举办最近一期R语言培训(四周,每周六及周天各2小时)。项目成交后,全额返回。

乙方承诺:平台质检乙方承担阶段性责任的项目,乙方无条件退阶段性项目款。质检乙方阶段承担全责的项目,乙方无条件退项目全款。


常见问题汇总

我的转录组实验该设计多少个样本

这个取决于你的科学假设,如果你想看药物处理前后的基因全局转录水平变化,设计两个分组,每个分组3个样本就足以发表,也就是不到6000块钱!如果你要做时间序列,做多个处理,另当别论。

做完转录组后差异分析后上下调基因数量很少

首先,你需要明白,上下调基因数量是根据你自定义的统计学指标来筛选的,有可能你的分组差异整体来说都不大,但是你给定的阈值很大,那么必然满足你要求的,被筛选到的统计学显著的上下调基因数量很少。要么你降低阈值,拿到更多上下调基因,要么你使用GSEA等全局分析算法跳过自定义阈值卡上下调基因这个环节。

对上下调基因分开或者合并做GO/KEGG等生物学功能数据库注释没有结果

你仍然是需要明白,没有结果也是结果的一种,你需要接受这个现实!你可以更改阈值,调整上下调基因数量重新走GO/KEGG等生物学功能数据库注释。或者使用GSEA等全局分析算法跳过自定义阈值卡上下调基因这个环节,直接看整体基因集的变化情况。一定要对数据有足够清晰的认识,才会有各种角度的合理的解释。

转录组标准分析图表那么多我课题不知道如何使用或者用不上绝大部分

这个是正常的,毕竟现在一个转录组项目就几千块钱。如果是十几年前你做一个转录组近10万,那些上游分析,软件,参数,质量指标都可以写入文章,火山图,差异基因热图,层次聚类,表达量相关性热图,GO/KEGG数据库注释大家都很陌生。现在都是你的项目结题报告的标准了,并没有太多新颖。很多依赖于转录组的课题其实也就是在附件列出差异基因数量,正文描述你分组后比较得到的通路变化而已。比如下面:

如果想结合公共数据库

这个属于个性化需求,希望大家理解一下商业的困难,本来就是促销提供转录组标准品,几千块钱拿到数据及标准分析其实就合同结束了!公共数据库的结合分析这样的个性化需求,要么自己努力一点学R进而学生信,如果你有经费,还是建议你真正的参加一次我们生信爆款入门和数据挖掘课程:

要么自己描述清楚,把任务具体化,这样方便根据工作量定价(没有是做不了,只要钱给到位,我就给你找到对接的工程师!

其它更多个性化分析

还是那句话,只要钱给到位,我就给你找到对接的工程师!或者你自己从头开始,一点一滴学。但是这个促销,是标准品,并没有多少利润可言。

就说这么多了,有转录组测序项目的,赶紧联系我们吧,钱塘生科公司提供全套服务!而我,生信技能树创始人jimmy提供监督和审核数据分析规范性

(添加好友务必备注 高校或者工作单位+姓名,方便后续认识)

(另外,有少量转录组项目诊断名额,先到先得哈!)

文末友情宣传

强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶:
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