其他
多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面
我们以PNAS杂志的一个关于AD的单细胞的数据集， https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157827 为例子，它有 21个10x样品哦，总计是 169,496 nuclei 单细胞，大家可以去下载它的文件：会得到如下所示：
32K 9 3 2020 GSM4775561_AD1_barcodes.tsv.gz
298K 9 3 2020 GSM4775561_AD1_features.tsv.gz
53M 9 3 2020 GSM4775561_AD1_matrix.mtx.gz
74K 9 3 2020 GSM4775562_AD2_barcodes.tsv.gz
298K 9 3 2020 GSM4775562_AD2_features.tsv.gz
115M 9 3 2020 GSM4775562_AD2_matrix.mtx.gz
32K 9 3 2020 GSM4775563_AD4_barcodes.tsv.gz
298K 9 3 2020 GSM4775563_AD4_features.tsv.gz
33M 9 3 2020 GSM4775563_AD4_matrix.mtx.gz
61K 9 3 2020 GSM4775564_AD5_barcodes.tsv.gz
298K 9 3 2020 GSM4775564_AD5_features.tsv.gz
70M 9 3 2020 GSM4775564_AD5_matrix.mtx.gz
16K 9 3 2020 GSM4775565_AD6_barcodes.tsv.gz
298K 9 3 2020 GSM4775565_AD6_features.tsv.gz
5.6M 9 3 2020 GSM4775565_AD6_matrix.mtx.gz
下游处理的时候这些文件时候，一定要保证每个样品的 3个文件同时存在，而且在同一个文件夹下面。示例代码是：
rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(Seurat)
sce1 <- CreateSeuratObject(Read10X('../10x-results/WT/'),
"wt")
重点就是 Read10X 函数读取 文件夹路径，比如：../10x-results/WT/ ，保证文件夹下面有3个文件。
其实如果样本量并不大，可以自己手动修改，如下所示，每个文件夹里面都是3个文件，而且文件名必须很纯净，保证是一样的：
但是如果样品数量很多，其实就可以使用代码批量进行修改啦！
微信扫一扫付费阅读本文
可试读42%
微信扫一扫付费阅读本文