不懂生信,不装Linux,也能Run代码—Windows系统的Linux命令行工具Babun
泡实验台的生物人中,偶尔出现主动学习并实践生物信息分析的佼佼者。
没错,就是佼佼者,他们的路越走越宽。
现在ENCODE啊,ICGC啊,这些国际化大项目往往都把分析的源代码公布出来了,还有一些特靠谱的作者直接把代码跟文章一起发表了。
就像发表实验protocol一样。
代码都拿到了,您距离run起来只差一层窗户纸。
R
如果只是R代码,在Windows系统下就能搞定。
安装
下载R和Rstudio,傻瓜式安装,然后双击打开Rstudio。
设置路径
在Rstudio右下角区域找到Files选项卡,点击右边那三个点...,选择你文件所在的位置。点击More,点击Set As Working Directory。
Run脚本
点击Rstudio左上角的Files,打开代码文件:文件名.R。
查看以#开头的说明文字,了解需要哪些输入文件,以及输入文件的格式。
如果看到library(包的名字),通常需要安装()里面的包,方法如下:
install.packages(包的名字)
或
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("包的名字")
每按一下Ctrl+Enter就会Run一行。
Babun
如果是python、perl、shell脚本,在Windows下用Babun就可以运行,还能在里面装生物软件呢!
安装
进入http://babun.github.io/,点击Download Now直接下载
解压缩,双击齿轮图表的install
看着黑色终端窗口里的字母数字飞快向上跑,顿时化身进入黑客帝国。
等窗口里的内容不动了,安装成功,叉掉窗口。
装哪去了?怎么打开babun?
它在用户文件夹里,就是Windows系统我的文档、我的图片等文件夹所在的地方。
打开.babun文件夹,双击俩齿轮图标的babun,您就打开了新世界的大门。
你可以把这个小黑窗口当做Linux虚拟机,而不会像虚拟机那样占空间占内存。
装软件,跑脚本,无所不能。
设置路径
先在babun窗口里输入cd和空格,然后拖拽一个你感兴趣的文件夹到babun窗口里,cd空格后面就会出现这个文件夹的路径了。
然后,就当babun窗口是一台Linux电脑一样用吧!
Run代码
想Run python、perl、shell脚本,就在窗口里写下./脚本文件名.pl,或文件名.py,或./文件名.sh,和参数、输入文件。
具体参数、输入文件和输出文件的格式,您要看脚本里面前几行,以#开头的说明文字。
好啦!窗户纸捅破了~
Run起来吧!