转录因子和靶基因系列(二)按类检索转录因子ChIP-seq数据
上一次我们介绍了CistromeMap知识库(http://cistrome.org/db/#/),收录了14000多套人和小鼠的ChIP-seq数据,包含800多个转录因子(简称TF)。在这里能查询哪些TF已经有了ChIP-seq数据,质量如何,TF结合位点的motif,TF调控的靶基因,以及有着相似结合特征的TF(可能是co-factor)。这是世界上最全的ChIP-seq数据库了。
今天介绍一个类似的数据库factorbook,不是脸书,是因子书~
虽然不如CistromeMap收录的那么齐全,它也有自己独特的地方,那就是分类浏览TF。您可以选择您关注的功能或结构类型,看看这一类型的TF在哪些细胞里有ChIP-seq数据。同时它还整合了组蛋白修饰数据和核小体定位数据,查看该TF附近的组蛋白修饰和核小体分布。
例如,我选择p53-like transcription factors,下面就列出了NFkB、STAT1、STAT2、STAT3,分别在一些免疫细胞、Hela-S3、K562、MCF10A等细胞里有ChIP-seq数据。
单击STAT1打开新页面,有像wikipedia一样全面的STAT1的功能介绍。
接下来是STAT1结合位点附近组蛋白修饰的分布峰图,初步推测该转录因子结合到启动子区,还是增强子区域。
另外,还能看到STAT1结合位点附近的核小体分布情况,STAT1来了,是不是挤跑了中间那个核小体?STAT1附近的核小体分布实在不敢恭维,想看漂亮的核小体分布图,请移驾电脑前,在factorbook中查询CTCF,那叫一个经典。
最经典的TF结合位点的motif,这个数据库当然也少不了。
遗憾的是,这里只给出该motif跟您检索的这个TF的motif是否一致,没有告诉我们其他motif对应哪个TF。想知道?请翻看CistromeMap的介绍。
factorbook最可爱的地方在于,它给出了其他组蛋白修饰和转录因子在该TF结合位点附近分布的热图。从中可以看出有STAT1结合的地方,E2F1和YY1也喜欢过来凑热闹,由此,你是不是想到了什么?脑中顿时构思出一幅调控机制的cartoon图。
查看《转录因子和靶基因》文章,请回复TF+文章编号,例如回复“TF1”。
TF1. CistromeMap,最全的ChIP-seq数据库,转录因子调控哪些下游基因,有实验证据的线索
TF2. factorbook,ENCODE的ChIP-seq数据库,按类浏览转录因子及其结合特征
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