实验室 | 基础医学院病原生物学系刘小云实验室
北京大学基础医学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力以及一批具备国际先进水平的科研基地和实验技术平台。接下来基础研会将为大家依次介绍北医基础医学院各大实验室，让大家对学院的科研状况能有更为深入的了解。本期将进行基础医学院病原生物学系实验室推送，一起走进刘小云实验室！
让我们先通过一个小视频来了解下刘小云老师实验室吧！
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导师简介
刘小云，北京大学基础医学院病原生物学系研究员，博士生导师。2003年获得密歇根州立大学化学系硕士学位；2009年获得印第安那大学化学系博士学位。同年进入耶鲁大学医学院进行博士后研究工作。于2012年回国，担任北大化学学院研究员。2016年获国家优秀青年科学基金资助。2019至今担任北京大学基础医学院病原生物学系研究员。
实验室简介
课题组致力于发展高通量蛋白质组学方法以解决感染生物学领域一些因传统技术手段受限的重要科学问题。我们发展了高效、普适的胞内病原细菌蛋白质组分析新策略，为从整体层次揭示致病菌适应宿主的分子机制提供了新颖的视角。与病原微生物实验室紧密合作，我们运用高精度质谱在细菌毒力因子催化的蛋白质翻译后修饰研究中取得了一系列突破性进展，包括发现了单酶催化的蛋白质泛素化（Nature 2016&2018）、细菌毒素介导的新型蛋白质脂化修饰（Science 2017）和ADP核糖基化修饰（Cell 2019）。
实验室主页：https://www.chem.pku.edu.cn/proteomics/index.htm
实验室现有四套液相色谱-质谱联用系统，包括一台高分辨静电场轨道阱质谱仪（LTQ-Orbitrap Velos）、两台高灵敏度线性离子阱质谱（LTQ Velos Pro和LTQ XL）和一台三重四极杆质谱（Sciex QTRAP 3200）。
研究领域
我们聚焦于人类重要致病菌与宿主相互作用的分子机制，以生物质谱为核心，发展或运用新型蛋白质组学分析策略来解决病原菌感染领域多年来因技术所限、悬而未决的一些重要科学问题。
1) 病原菌与宿主互作的机制研究
高通量蛋白质互作组学、修饰组学大规模筛选鉴定病原菌重要毒力因子的宿主靶标蛋白
高精度质谱解析病原菌毒力因子催化的宿主蛋白质翻译后修饰
2) 细菌定量蛋白质组
绘制细菌感染中蛋白质动态表达全景图，以揭示病原菌适应宿主的分子机制
细菌定量磷酸化组学、半胱胺酸修饰组学（如亚硝基、硫巯基修饰等）探究原核细胞信号转导途径
科研队伍及人才培养
1.科研队伍
实验室共有教职工3名，研究生9名
2.人才培养
学生进入实验室后，可分配到1-2个课题（实验室有很多独立课题和合作课题）。实验室有成熟的技术培训体系，新生通过系统性训练掌握相关实验技术后可独立开展课题研究工作。每周六组会汇报实验结果并学习最新前沿文献，实验室成员一起讨论课题中遇到的问题。若课题需要，可外派到合作实验室开展研究。
3.实验室氛围
实验室科研氛围浓厚，有奋发向上的精神和很强的凝聚力。同时，也有经验丰富、热情耐心的学长学姐，可以帮助你快速入门。每周工作六天，休息一天。
实验室拥有扎实的质谱技术，在领域内具有良好口碑，因此与诸多高水平课题组建立了紧密合作关系，如NIBS邵峰课题组、普度大学罗招庆课题组、浙大朱永群课题组、中农董娜课题组和吉林大学邱家章课题组等，相应成果也发表于领域内重要期刊。如果课题需要帮助，我们有很多强援！
刘老师注重学生综合能力的培养，鼓励学生批判性思维。对于有意愿做科研的学生，刘老师会热心地推荐到国内外高水平实验室。已经毕业的学长学姐中，有不少仍继续从事科研工作（具体见实验室首页）。
代表论文
1) Wang C, Zhang H, Fu J, Wang M, Cai Y, Ding T, Jiang J, Koehler JE, Liu X*, Yuan C*. (2021) Bartonella type IV secretion effector BepC induces stress fiber formation through activation of GEF-H1. PloS Pathog., 17, e1009065.
2) Niu Y, Yang L, Gao T, Dong C, Zhang B, Yin P, Hopp AK, Li D, Gan R, Wang H, Liu X, Cao X, Xie Y, Meng X, Deng H, Zhang X, Ren J, Hottiger MO, Chen Z*, Zhang Y*, Liu X*, Feng Y*. (2020) A type I-F anti-CRISPR protein inhibits the CRISPR-Cas surveillance complex by ADP-ribosylation. Mol. Cell, 80, 512-524.
3) Zhang B, Liu B, Zhou Y, Zhang X, Zou Q, Liu X*. (2020) Contributions of mass spectrometry-based proteomics to understanding Salmonella-host interactions. Pathogens, 9, E581.
4) Wu M, Feng G, Zhang B, Xu K, Wang Z, Cheng S, Chang C, Vyas A, Tang Z*, Liu X*. (2020) Phosphoproteomics reveals novel targets and phosphoprotein networks in cell cycle mediated by Dsk1 kinase. J. Proteome Res., 19, 1776-1787.
5) Xu Y, Zhou P, Cheng S, Lu Q, Nowak K, Hopp A-K, Li L, Shi X, Zhou Z, Gao W, Li D, He H, Liu X, Ding J, Hottiger MO, Shao F*. (2019) A bacterial effector reveals the V-ATPase-ATG16L1 axis that initiates xenophagy. Cell, 178, 552-566.
6) Li Z, Liu Y, Fu J, Zhang B, Cheng S, Wu M, Wang Z, Jiang J, Chang C, Liu X*. (2019) Salmonella proteomic profiling during infection distinguishes the intracellular environment of host cells. mSystems, 4, e00314-18.
7) Wang Z, Sun J, Tian M, Xu Z, Liu Y, Fu J, Yan A*, Liu X*. (2019) Proteomic analysis of FNR-regulated anaerobiosis in Salmonella Typhimurium. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 30, 1001-1012.
8) Wang Z, McCloskey A, Cheng S, Wu M, Xue C, Fu J, Liu Y, Luo ZQ*, Liu X*. (2018) Regulation of the small GTPase Rab1 function by a bacterial glucosyltransferase. Cell Discov., 4, 53.
9) Wang Z, Sun J, Xia T, Liu Y, Fu J, Lo YK, Chang C, Yan A*, Liu X*. (2018) Proteomic delineation of the ArcA regulon in Salmonella Typhimurium during anaerobiosis. Mol. Cell. Proteomics, 17, 1937-1947.
10) Zhang B, Ran L, Wu M, Li Z, Jiang J, Wang Z, Cheng S, Fu J, Liu X*. (2018) Shigella flexneri regulator SlyA controls bacterial acid resistance by directly activating the glutamate decarboxylation system. Front. Microbiol., 9, 2071.
11) Dong Y, Mu Y, Xie Y, Zhang Y, Han Y, Zhou Y, Wang W, Liu Z, Wu M, Wang H, Pan M, Xu N, Xu CQ, Yang M, Fan S, Deng H, Tan T, Liu X, Liu L, Li J, Wang J, Fang X, Feng Y*. (2018) Structural basis of ubiquitin modification by the Legionella effector SdeA. Nature, 557, 674-678.
12) Cheng S, Wang L, Liu Q, Qi L, Yu K, Wang Z, Wu M, Liu Y, Fu J, Hu M, Li M, Zhou D*, Liu X* (2017) Identification of a novel Salmonella type III effector by quantitative secretome profiling. Mol. Cell. Proteomics, 16, 2219-2228.
13) Liu Y, Liu Q, Qi L, Ding T, Wang Z, Fu J, Hu M, Li M, Song J*, Liu X*. (2017) Temporal regulation of a Salmonella Typhimurium virulence factor by the transcriptional regulator YdcR. Mol. Cell. Proteomics, 16, 1683-1693.
14) Zhou Y, Huang C, Yin L, Wan M, Wang X, Li L, Liu Y, Wang Z, Fu P, Zhang N, Chen S, Liu X, Shao F, Zhu Y*. (2017) Nε-Fatty acylation of Rho GTPases by a MARTX toxin effector. Science, 358, 528-531.
15) Qiu J, Sheedlo MJ, Yu K, Tan Y, Nakayasu ES, Das C, Liu X, Luo ZQ*. (2016) Ubiquitination independent of E1 and E2 enzymes by bacterial effectors. Nature, 533, 120-124.
联系方式
实验室：北京大学医学部基础医学院病原生物学系 卫生楼3层
邮箱：xiaoyun.liu@bjmu.edu.cn
图文 | 刘小云课题组
编辑 | 杨亮
审核 | 高浩萌 赵惠聆