scRNAseq + LCM-seq结合，揭示骨髓内环境
The following article is from ScienceTopia Author 王冠琳
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最近通过单细胞转录组对骨髓内环境的研究很热门，2019年4月Iannis Aifantis组在Nature上发表了The bone marrow microenvironment at single-cell resolution，David Scadden组2019年6月发表在Cell上的A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia，以及上个月发表在Cell Report上的Mapping Distinct Bone Marrow Niche Populations and Their Differentiation Paths等文章，都使用了单细胞转录组技术来深入了解骨髓内环境中各种类型细胞。
除了细胞类群的组成，空间信息对于理解骨髓的内环境也至关重要。最近，来自德国EMBL-EBI的单细胞大牛Andreas Trumpp和Simon Haas等人在BioRxiv预印本上发表了结合scRNAseq和LCM-seq来分析骨髓的内环境的最新研究成果：
一、研究人员首先通过scRNAseq分析骨髓中存在的不同细胞类群
1.实验设计：
2. 使用Seurat包进行分析，值得学习的地方是如何确定细胞类群:
3. 确定了骨髓中存在的32个不同的类群（不同细胞类型以及不同发育阶段的细胞）,包括血细胞、免疫细胞：
4. 以及其他类群的细胞，
5. 发现了不同的mesenchymal亚群，特别对此前发现的主要分泌Cxcl12的细胞高表达相似性的细胞，根据其基因表达分为Adipo-CAR和Osteo-CAR细胞：
二、结合LCM-seq的方法，对78个微区域（一层细胞约200-300个细胞）进行测序，通过特定marker gene的表达，确定不同细胞所处位置，重构空间信息：
三、结合scRNAseq数据和LCM-seq数据，使用CIBERSORT算法，对单细胞数据进行解构，确定不同细胞所处的niche:
四、使用whole-mount immunofluorescence imaging对Adipo CAR和Oster-CAR进行定位验证，使用Cxcl12,Alp1和sinusoidal的marker Emcn以及arterial的maker Sca1分别进行共染，确定Adipo-CAR细胞位于sinusoidal，Oster-CAR位于arterial区域：
此外，研究人员还发现Adipo-CAR和Osteo-CAR这两类细胞是主要的cytokine和growth factor的来源，并通过开发新算法RNA Magnet，能够重新构建骨髓中主要细胞类群的空间分布。
总结一下：
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