其他
最近有粉丝表示,跟着我的最新lncRNA视频学习后,走她自己感兴趣的项目,惊奇的发现,GAPDH这个基因并没有表达量,怀疑是我的芯片探针ID注释有问题。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77013 A long noncoding RNA signature for ulcerative colitis identifies IFNG-AS1 as an enhancer of inflammation. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 2016 Sep 1;311(3):G446-57. PMID: 27492330
7 control patients, 8 UC-active (UCA), 4 UC-inactive (UCI)
UCA and control, 1,931个差异的lncRNA UCA and UCI colonic tissues, 1,361个差异的lncRNA UCI relative to control tissues,287 个差异的lncRNA
芯片平台信息:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL16956
gset <- getGEO('GSE77013', destdir=".",getGPL = F)#下载很慢
#https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77013
## 获取ExpressionSet对象,包括的表达矩阵和分组信息
exprSet=exprs(gset[[1]]) #a现在是一个对象,取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数
dim(exprSet)#看一下dat这个矩阵的维度
exprSet[1:4,1:4]
文末友情宣传
生信爆款入门-全球听(买一得五)(第4期),你的生物信息学入门课 数据挖掘第2期(两天变三周,实力加量),医学生/临床医师首选技能提高课 生信技能树的2019年终总结 ,你的生物信息学成长宝藏 2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路,还等什么,看啊!!!