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两年过去了,你们的单细胞文章终于发出来了
最近在朋友圈看到非常多的报喜,都是单细胞相关课题的顺利结束以及文章的发表,不知道是不是因为疫情隔离期间的大半年的辛勤耕耘的结果。三年前我创立《单细胞天地公众号》开始大力宣传单细胞技术的前景,伴随着10X仪器的流行单细胞转录组技术也走入“寻常百姓家”。所以收到了越来越多的单细胞数据处理方面的求助,我也顺理成章的推出了两个课程,目前免费共享在B站视频:
全网第一个单细胞课程(免费基础课程)
免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 ,欢迎提问弹幕交流! 务必听课后完成结业考核20题:https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w 课程配套资料文档在:https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0
技能树出品的第二个单细胞课程(进阶课程,仍然免费)
详情请自行阅读介绍 https://mp.weixin.qq.com/s/bLfO-8ri_SNUepGs4UwRQw 本课程长期答疑文档,https://docs.qq.com/doc/DT0FxbEpHYU5ZVlpu
因为课程涉及到知识点太多,所以我拆分成为了5个子课程,欢迎B站提问弹幕交流!全部链接是:
「生信技能树」单细胞进阶数据处理之文献导读,链接是:https://www.bilibili.com/video/BV17f4y1R7N8 「生信技能树」使用10X单细胞转录组数据探索免疫治疗,链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1xD4y1S74P 「生信技能树」单细胞基因组数据拷贝数变异分析流程,链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1Yf4y1R75R 「生信技能树」云服务器处理单细胞转录组数据,链接是:https://www.bilibili.com/video/BV154411Z7DU 「生信技能树」使用Smart-seq2单细胞转录组数据探索小鼠性腺发育,链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1454y1q77Z
我相信肯定是已经帮助了不少人,而且我很有信心,在完全免费后,能帮助更多的《单细胞天地公众号》以及《生信技能树公众号》的粉丝。
在这里我有一个学术请求,如果你对你的课题有一定的掌控能力,就是发表文章的时候说得上话,而且确实得到了我的代码和教程的帮助,或者在我们的平台咨询过单细胞数据分析相关的问题,希望你可以加上一个致谢,如下:
We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
我们的教程覆盖面非常广泛
单细胞基础10讲
01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要) 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去除细胞效应和基因效应 单细胞转录组数据的降维聚类分群 单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 把拿到的亚群进行更细致的分群 单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
以及个性化汇总
cellranger流程相关
单细胞实战(一)数据下载 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果 cellranger更新到4啦(全新使用教程)
课题思路相关
还有:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本 和 seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比 。
文献速递以及文献精读
单细胞天地每周发布1~2篇文献解读相关推文,希望大家紧跟前沿,学习 新的分析方法。
如果你对单细胞转录组研究感兴趣,但又不知道如何入门,也许你可以关注一下下面的课程
生信爆款入门-第7期(线上直播4周,马拉松式陪伴,带你入门)你的生物信息入门课
数据挖掘学习班第5期(线上直播3周,马拉松式陪伴,带你入门) 医学生/医生首选技能提高课
生信技能树的2019年终总结 你的生物信息成长宝藏
看完记得顺手点个“在看”哦!
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