本文共计 1650 字,阅读约 3 分钟
国际核苷酸序列数据库合作联盟(英文全称International Nucleotide Sequence Database Collaboration,简称INSDC)是由日本国立遗传学研究所的DNA数据库(DDBJ)、欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)的欧洲核苷酸档案库(ENA)和美国国家医学图书馆国家生物技术信息中心(NCBI)的GenBank三大生物信息学数据库组成的联盟。
图片来源:INSDC
各个研究团队贡献给这三个数据库的新数据、以及更新的数据,通过这三个合作机构之间的持续互动,每天进行同步更新。INSDC的主要目标是协调和推动全球范围内的核苷酸序列数据的收集、存储、管理和共享。这一联盟的成员机构相互合作,确保数据的一致性、可靠性和互操作性,以支持全球范围内的生命科学研究。地球生物基因组计划(EBP)主席、美国科学院院士哈里斯·莱温(Harris A. Lewin)在北京的一次讲座中,提到了国际核苷酸序列数据库合作联盟(INSDC),并重点介绍了全球真核生物测序现状。摄影:Linda ©绿会融媒·海洋与湿地INSDC覆盖了从原始序列读取、序列比对和组装,到功能注释的整个数据范围。除了存储核苷酸序列本身外,还包括与这些序列相关的详细信息,如样本来源、实验设计和功能注释等上下文信息。通过INSDC,研究人员可以访问和使用全球范围内大量的生物信息数据,这些数据对于基因组学、生物信息学、医学研究和生物多样性保护等领域具有重要意义。可以说,INSDC的存在和运作为生命科学领域的研究人员提供了便利和支持,促进了科学研究的进展和数据共享的实现。自1990年代以来,世界上大多数主要科学期刊要求,作为发表的前提条件,序列数据都必须存入INSDC数据库。DDBJ/EMBL-EBI/GenBank的同步是根据由国际顾问委员会制定和发布的一系列指导方针来维护的。这些指导方针包括数据库的特征表的通用定义,规范了数据库条目的内容和语法,采用了通用的DTD(文档类型定义)形式。语法称为INSDSeq,其核心包括基因表达的字母序列(氨基酸序列)和基因或已解码片段中核苷酸碱基的字母序列。在EMBL-EBI数据库中,进行DBFetch操作会显示典型的INSD条目;在NCBI中也是如此。尤为值得注意的是,所有在INSDC中的数据均可免费、无限制地访问,可用于任何目的,对于数据的分析、再分发或重新发布没有任何限制。自其成立以来,这一政策,一直是INSDC的基本原则。“海洋与湿地”(OceanWetlands)小编注意到,INSDC旗下还有一个专门的利益相关者委员会,其角色,就是协助INSDC倡导数据共享和开放科学。“海洋与湿地”(OceanWetlands)小编查阅了INSDC的政策,分享如下。国际核苷酸序列数据库合作联盟(INSDC)政策旨在确保所有数据库中包含的数据记录具有免费且无限制的访问政策。全球科学家可以访问这些记录,用于规划实验或发表任何分析或评论。科学家们在利用已发表的科学文献时,应当按照惯例引用原始提交的数据,给予适当的致谢。INSDC不会在记录中附加限制访问数据、限制使用这些记录信息的声明,或禁止基于这些记录信息发布特定类型的出版物。具体来说,任何序列数据记录中都不包含使用限制或许可要求,也不会对任何方使用或重新发布数据库设置限制或许可费用。所有提交给INSDC的数据库记录将作为科学记录的一部分永久保留可访问性。作者对记录的错误更正和更新是受欢迎的,错误记录可能会在下一次数据库发布中删除,但所有记录将通过接入号永久保留可访问性。提交者应知晓,INSD维护的网站上显示的信息是对公众完全公开的。提交者有责任确保他们有权提交这些数据。除了有限的编辑控制和一些内部完整性检查(例如,验证INSD格式的正确使用和CDS条目中指定的编码区域的翻译是否准确),记录的质量和准确性是提交作者的责任,而不是数据库的责任。数据库将与提交者和数据库用户合作,努力实现最佳的资源质量。(注:本文仅供信息了解,供全球环境治理专家学者和感兴趣的读者参考。文章不代表平台观点。)【参考资料来源】
https://www.insdc.org/ https://en.wikipedia.org/wiki/International_Nucleotide_Sequence_Database_Collaboration https://www.insdc.org/policy/ 张小勇.谈中国加入《粮食和农业植物遗传资源国际条约》的机遇和挑战.生物多样性保护与绿色发展.第11卷,2023年7月,总第44期.ISSN2749-9065 |
本文仅代表资讯,不代表平台观点。
欢迎转发(请注明来源)。
整理 |王芊佳
审核 | Maggie
排版 | 绿叶
海洋与湿地微信号:OceanWetlands联系小编/投稿/授权:010-88431370 17319454776 欢迎投稿、转发。联系后台长期授权: 18910282583
专门报道海洋与湿地、全球环境治理等前沿动态, 为学术研讨活动提供公益支持。服务我国广大海洋与湿地科技工作者和环境保护人士。
重建人与自然的平衡 | 支持绿会生态保护公益项目,请点击“阅读原文”