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用户数据注释进化树

2017-04-30 Y叔 biobabble

昨天发图片,被微信吃掉了,实在抱歉。



最新的一个问题,大致讲他有两个trait, A和B,想拿A来给label上色,B来画热图。

加载用户数据我们有%<+%操作符,热图有gheatmap函数。

我给了他一个简单的例子:

library("ggtree") nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio") tree <- read.tree(nwk) n <- Ntip(tree)

set.seed(123) df <- data.frame(label = tree$tip.label, traitA = sample(letters[1:3], n, replace=T), traitB = sample(LETTERS[5:8], n, replace=T)) row.names(df) <- df[,1]

p1 <- ggtree(tree) %<+% df + geom_tiplab(aes(color=traitA))

gheatmap(p1, df[,"traitB", drop=FALSE], offset = 0.8, width=0.1)


效果如下:



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