查看原文
其他

dotplot展示富集分析结果

2017-07-25 Y叔 biobabble

clusterProfiler最早的dotplot是用来比较不同实验组的富集结果,而单一的富集分析结果使用barplot来展示,后来有用户feature request,于是dotplot也可以用于单一富集分析结果, barplot柱子的长度可以是基因的数目或者是gene ratio,而颜色可以通过p值来填充,dotplot是类似的,点的位置和颜色与barplot是对应的,但dotplot更好在于,还有点的大小可以编码另外的信息。

library(DOSE) deg = names(geneList)[abs(geneList) > 1] do = enrichDO(deg) dotplot(do, showCategory=20)

点的颜色可以用‘pvalue’, ‘p.adjust’ 或 ‘qvalue’来填充.

dotplot(do, x="count", showCategory=20, colorBy="qvalue")

这个dotplot在clusterProfiler, DOSE, meshes和ReactomePA包中都可以用。

后来又有用户来说想应用于展示GSEA结果,于是又实现了,具体请猛击此处.

相关阅读

本公众号还差500粉就可以卖广告了,做这个公众号,我从不骚扰粉丝,即使分享ggplot2和ggtree的幻灯片、分享苹果版BioEdit软件,我也不强制分享截屏以换取链接。如果觉得这个公众号的内容对你有过帮助,请助攻一下,您可以分享本文,或点击阅读原文分享历史页面。

赞赏

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存