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IBW2011

2017-08-06 Y叔 biobabble

开完了IBW这个会,感觉比较面向学生,会议前的龙星课程,倒是不错,我就冲着它的题目过去的,我想听的是概率图模型和系统生物学,结果只有最后一天,早上讲了点bayesian network,下午讲了会GSEA,BN讲的只是基本的概念,GSEA讲的内容还不到位,只讲到fisher’s test做enrichment analysis,并没有讲如何把表达量通过某些方法把它转化为统计量,再进行enrichment analysis,没有考虑表达量,是不叫GSEA的,提出GSEA的那篇PNAS文章,讲的就是expression+prior knowledge (gene set)。

几天的时间,基本上是讲Hidden Markov Model用于序列比对,Prof Tang以前是在Waterman那里做post-doc,估计也是搞了很长时间的序列。我对这块兴趣不大。

会议两天,除了几个speaker之外,似乎都是学生,会议本身也比较面向学生,第一天晚上,还搞座谈,让学生去提问,不过大多数是研一,博一的新生,从别的背景转入生信,很多人都问到,要怎么去学另一个学科的东西,要怎么去选题啥的。扯这些东西,没啥意义。还有个普遍的怨念,搞计算机的,总觉得自己在给生物的打工。

由于大部分的speaker是学计算机出身的,有些可能计算机方面,比较难的东西,在他们看来是理所当然的,忽略这些东西,我觉得是OK的,
detail并不重要,关键要讲清楚,如何把一个生物学问题formulate成一个逻辑计算过程,思路是最重要的,可惜的是,大部分把introduction部分讲得太细太慢,学计算机的人总喜欢讲生物,而这些东西,在学生物的看来,都是理所当然的那一部分,就像他们觉得理所当然的计算机的那一部分一样。总在讲最基本的东西,然后就发现时间不够,然后就直接讲结果。

最为重要的问题,如何把生物学问题,formulate为一个计算问题,没人提及。

让我感觉不如去听生物学的会议。

明年不参加这个会了。

PS:41大招待所没有网络,无聊之际,用电脑通过蓝牙连接手机,再通过手机GPRS让电脑上网,很不稳定,太苦逼了。

当年还在用魅族M8

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