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ggnetworx:让ggtree支持phylogenetic networks

Y叔叔 YuLabSMU 2022-09-20

有一些进化关系,并不能用简单的进化树来表示,或者用不同的数据构建出来的进化树是有冲突的,有不一致的地方,那么如何来summarize这些数据,那么我们可以使用phylogenetic network.



上面这个截屏是使用SplitsTree来展示phylogenetic network,如果你想要用ggtree来画呢?ggtree目前自己本身是不支持的,但有人给ggtree写扩展,就像ggtree是ggplot2的扩展一样,这个扩展叫ggnetworx,有了它,你可以画phylogenetic network,然后使用ggtree的各种注释功能。这个扩展也是一个R包,地址是https://github.com/KlausVigo/ggnetworx,你也可以通过点击阅读原文,直达github主页。KlausVigo同时也是进化界著名R包phangorn的作者。



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