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[一句话贩焦] XBB,大趋同时代的邪恶结晶,凶兆初现

拍老师 拍帮主的后花园 2022-11-05

各位早上好上午好中午好下午好晚上好!
昨天简单搞了个收豆文章的试验,以备之后不时之需,
现在重发免费版,希望各位喜欢~
另外,为表诚意,今天额外附送一大坨焦虑值,见文末(昨天看过收豆版的朋友也请不要错过哦)



——首先请品鉴:
↑ 以上是来自鲁汶大学巨佬Wenseleers老师的建模预测,铁口神算了可以说是。
总之,前几天咱们品鉴过Wenseleers老师针对次世代毒王竞争者们的增长优势预测,
现在更详细的按地区分层版本来了。
具体来说:
  • 本文主角XBB在亚洲增长优势明显、在大洋洲也接近BQ.1.1;
  • BQ.1.1在除了亚洲之外其他地区保持领先;
  • BA.2.3.20则在除了亚洲之外所有地区都紧咬BQ.1.1。

战况焦灼啊可以说是……
所以啦,咱两个星期之前的抢跑,基本上算是命中靶心了,详见:
《次世代毒王争霸赛已经揭开序幕(BQ.1.1、BA.2.3.20和XBB)》

也许有朋友会问:
”可是拍老师,按照Wenseleers老师的铁口神算,次世代三小强里头,明明是BQ.1.1最猛,BA.2.3.20其次,为啥你偏偏就看好XBB呢?”

原因很简单:
  • 一来,BQ.1.1的成绩,绝大多数是靠着测序数量较多的欧陆和美帝刷出来的。而XBB的表现,靠的则是测序数量明显低很多的亚洲地区来反映;
  • 二来则是因为,BQ.1.1略老(并没有),8月初就登场了,9月中旬展露出毒王风范,前后间隔了一个多月。而XBB则直到9月初才在孟加拉以外的地方冒头、9月12号初现增长优势,然后……短短两周时间就在新加坡完成了从零到主流毒株交替……


于是问题就来了……
前几天在《巴塞尔报告(第六期,2022年10月2日)》这篇文章里头,
咱搬运的那张“集齐五朵金花立地成神”示意图,
上面XBB明明只排在第三档……

——请回顾品鉴:

那么为啥这货的增速,
反而远远超过了第四档的4种变异株,
甚至跟第五档的BQ.1.1平起平坐了呢?

原因在于,Johnson老师这幅世界名画,
它的作用毕竟只是通俗易懂地说明一个现象,即:
Omicron的徒子徒孙们正处于“大趋同时代”(The Great Convergence)

但涉及到趋同演化的那些热点突变,
其实远远不止Johnson老师点名的那五朵金花。

所以咯,严谨的Cornelius小哥,前两天利用Cov-Spectrum平台搞了个更严谨的“大趋同时代”计算器。

——请品鉴:
解说一下:
  • 以上是Cornelius小哥版本“大趋同时代”的计算结果,使用了Cov-spectrum平台的数据和算法;
  • Cov-spectrum平台的数据则全部来自于GISAID数据库(有3天左右延迟)。不过Cov-spectrum提供了比GISAID好用一百倍的检索功能;
  • 其中Cornelius小哥的检索逻辑是“[x-of: S:346T, S:356T, S:444, S:445, S:450, S:446, S:452, S:460K, S:486, S:490, S:494P]& ! (S:444- | S:445- | S:450- | S:446- | S:452- | S:486- | S:490-)”……也就是说,他认为趋同突变位点不止Johnson老师所说的五朵金花,而是多达11朵金花,即:346、356、444、445、450、446、452、460、486、490和494(其实还是不止)。

总之,根据Cornelius小哥的计算:
  • 当前已经有很多子分支集齐了十一朵金花当中的三朵,包括深受CDC重视的BA.4.6BF.7。这个档次的子分支绝对数量最多,然而增长率最低;
  • 有五个子分支的收集进度达到4/11档次,即:BA.2.75.2、BQ.1、BM.1.1、BY.1和BA.2.3.20。这部分子分支绝对数量略低,但增长率明显更快;
  • 另有四个子分支收集进度达到5/11档次,即:BQ.1.1、BN.1、BM.1.1.1和CA.1,这一档各个都是怪物了可以说是……增长率触目惊心;
  • XBB则独占一档,收集进度为6/11,增长率傲视全场;
  • 暂时还没有收集进度更高的存在



最后,Cornelius小哥表示,
上述计算器只涉及刺突蛋白RBD结构域的增益突变,
然而硕大一个刺突蛋白,除了RBD之外,还有其他不少重要的结构域。

比如北大曹老师就表示:
“XBB的NTD结构域突变,比如V83A,really bad……”
“针对NTD结构域的单抗,有一个算一个,全部拉胯……”

——请具体品鉴:
↑ 解说解说:
  • 上边的单抗中和测定表,想必不需要解说了,绿框框出来的,就是XBB的战绩,NTD单抗基本全灭可还行?
  • 下边的NTD结构图,紫色高亮的部分(标记为α),是针对BA.5有效的主要NTD中和抗体表位。然后绿框标出来的全都是XBB特征突变(从BJ.1那边儿继承下来的)……突变成这样,怪不得中和抗体全灭呢

所以咯,情况就是这么一种情况:

大趋同时代的邪恶结晶,
已经在凛冬将至的时候悄然诞生。



各位,转眼一天时间过去了,
上面提到的好几条信息都有了新进展。

——请首先品鉴:

↑ Wenseleers老师专门为新加坡跑了个预测,

结果显示,XBB已经在新加坡成为主流毒株;

不是即将,而是已经……

或者更具体地说……

前两天咱这边太粗心,然后Wenseleers老师也犯了差不多的毛病……

总之,上图有点笔误~

在新加坡一桶浆糊的,并不是普通版XBB,

而是其子毒株XBB.1(额外多出了刺突蛋白G252V和ORF8:G8stop)……


——请品鉴:

↑ 可以看出,XBB.1相对于XBB额外多出来的两个突变,发生频率从9月初的0%迅速蹿升到9月底的95%左右~

或者也可以说,XBB在诞生之后,暗搓搓地经历了一次适应性演化,获得了额外的fitness,完成了自我取代。

啊……这内卷而励志的演化史!


那么问题就来了~

XBB.1还有没有可能继续快速演化呢?


——请再品鉴:

Cornelius版“大趋同时代”计算器今天更新了最新计算结果。

之前说XBB之上暂时没有段位更高的存在……这条记录已经被打破了~

如上图红字所示,市面上已经有了两条金花收集进度7/11的怪物。

很不巧,这两条怪物序列都是来自印度的XBB.1加额外的刺突蛋白K444R突变




最后,附几张来自新加坡卫生部的应景图表


——请品鉴:

↑ 9月9日到10月6日期间,新加坡新增确诊人数七日滚动均值(左),以及新增确诊人数环比变化率。


——请再品鉴:

↑ 9月9日到10月6日期间,新增确诊病例数,按年龄段分层(20-39岁年龄段醒目!)


——请继续品鉴:

↑ 9月9日到10月6日期间,入院病例数,按年龄段分层~


——请接着品鉴:

↑ 9月9日到10月6日期间,需输氧的病例数,按年龄段分层~


——以及,含焦量最高的来了,请最后品鉴:

↑ 9月9日到10月6日期间,ICU病例数,按接种状态分层~


大趋同时代的邪恶结晶,凶兆初现




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