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[变异毒株] Omicron: 毒王族谱(2023年1月10日第三次更新)

拍老师 拍帮主的后花园 2023-10-24
各位晚上好。
感谢各位不停催更,跳票多日的毒王族谱系列,今天终于返场了……
顺便,上一集请见:《Omicron:毒王族谱(2022年10月16日第一次更新)》



首先是变异株数量。
  • 2022年9月22日,本系列第一集时,Omicron大家族(除了BA.1之外)总共298个子分支;
  • 到了2022年10月15日,本系列第二集时,这个数字飙到了464个
  • 而截止今天(2023年1月10日),Omicron大家族(除了BA.1)一共拥有673个子分支。

以上673个子分支当中,以近两个月BQ.1的增速作为基线的话,有大概60个子分支处于增长状态~
(是的各位你们没看错,BQ.1已然沦为背景板啦)

如下图所示,上述60多个子分支集中分布在6个亚谱系,即:
  • BA.2.3.20*亚谱系;
  • BA.2.75*亚谱系;
  • BQ.1*亚谱系;
  • XBB*亚谱系;
  • 两个Deltacron亚谱系(不过严格来说XBC*和XAY*都还算不上谱系);
  • 以及BA.5亚谱系的一些余孽。

——请品鉴:



下面咱们从每个亚谱系代表队挑几个尖子生出来点评点评吧。

——首先是BA.2.3.20*代表队,请品鉴:
简单解释一嘴:
  • 上图是巴塞尔大学Richard Neher老师借用演化树的UI做出的变异株树状列表;
  • 其中每一个小圆点并不代表真实的测序记录,而代表了取得了Pango委员会正式命名的子分支;
  • 小圆点的颜色则代表取得正式命名的时间先后,其中越偏红色则越晚近。

所以这里重点提几句鲜红色的那几种:
  • CM.10,比原始版BA.2.3.20额外多出刺突蛋白V445A和K478T回复突变,按照Cornelius小哥最先提出的天阶序论(延伸阅读,见这里),算是七阶高手;
  • CM.11,比原始版BA.2.3.20额外多出刺突蛋白R346T和F486S,一举迈入八阶境界(但由于绝对数量还太少,所以增速暂时不明);
  • BA.2.3.22,这个不是BA.2.3.20的子分支,但作为近邻,顺便提一嘴得了……总之这是BA.2亚谱系下最新的一个跃迁突变变异株,拥有11个额外突变,其中8个出现在刺突蛋白,分别是:69/70del, W152L, 211del, L212I, R346T, N417T回复突变, F490A, A942S。BA.2.3.22很可能起源于菲律宾,随后在卡塔尔等地检出,目前在德国流行。



——接下来有请BA.2.75*代表队,请再品鉴:
BA.2.75*代表队过于枝繁叶茂,以至于一张图根本放不下……
上面两张图分别是BM*(包括CH*)和BN*两大分支

其中值得留意的最新种子选手包括:
  • CH.1.1.2,比CH.1.1额外多次S:T883I,当前整个BA.2.75*大家族的增速冠军;
  • CH.1.1.4,各方大佬正在密切关注的一个子分支,这货整个Omicron家族第一个稳定拥有S:P681R突变并能保持适应性的变异株(毕竟大伙儿都还记得当初2021年被P681R支配的恐惧……);
  • CH.3.1,已喜提S:F486P,并且一口气额外获得S:S494P;
  • DS.1,除了CH.1.1.2之外,BA.2.75*大家族另外一个值得留意的最新种子选手。比BN.1.3.1额外多出了刺突蛋白R403K和F486S;
  • BN.1.3.2BN.1.3.4,双双喜提超强增益突变S:V445A,一同跻身七阶。



——然后是BQ.1*代表队,请继续品鉴:
如上图BQ.1*代表队的全新一代种子选手主要集中在BQ.1.1*分支,包括:
  • BQ.1.1.34DT.1,这俩通过不同的演化路径获得了趋同的刺突蛋白144del跟S494P突变,并双双名列家族内部增速榜顶端;
  • DP.1,获得了罕见的刺突蛋白A352S突变,同样增速靠前。



——下面是XBB*代表队登场:
大伙儿想必已经听说了,XBB.1在北美喜提关键的S:F486P增益突变之后,如同战神附体,一举取代BQ.1.1,获得美帝主流株地位~
然而大伙儿可能还没听说的是,XBB大家族其他成员也在纷纷获得F486P……
其中最新中奖的种子选手是XBB.1.9.1XBB.6.1



——然后在瞅瞅XBC*和XAY两支德奥合并代表队:
  • XBC.1.2XBC.1.2.1:靠着ORF1a的增益突变(T3255I)成功进入增速榜第二梯队;
  • XBC.1.1.1:喜提强力增益突变S:G476S,加入趋同演化的列强行列;
  • XAY.1.2XAY.3:虽然刚刚获得命名,但势头反而不如2022年底就已经冒头的XAY.2……后者正在丹麦打村战呢(详见:《论,村战》



——最后是一些BA.5的余孽:
CK.1.1和CK.1.2:同属BA.5.2.24分支~

——以及……请自行品鉴:
BF.7.14BA.5.2.48BA.5.2.49……
懂的都懂吧,这里就不解说了。

以上就是最新一期毒王族谱当中值得关注的新发变异株们。
虽然这些新发毒株个个看起来都挺阴间,
但正如之前强调的,现在已然是菜鸡互啄的村战时代了……
等待上面这些新一代种子选手的命运,很有可能就是村战的泥潭。

——请品鉴:
↑ 德法英三国村战示意图,来自Tom Wenseleers老师。
以大英为例,虽然XBB.1.5的相对增速最快,
但最后流行率却只能跟CH.1.1打成平手,各占三成出头。
而且到了那时候,很可能市面上早就有下一代变异株了……

呵呵,这内卷的泥潭。



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