[变异毒株] 关于M记神药的一点无聊八卦

• “转换”指的是同类型碱基之间的突变，也就是嘌呤和嘌呤之间的替换，或嘧啶和嘧啶之间的替换；
• 而“颠换”指的则是从一种嘌呤类变为嘧啶类，或嘧啶类变为嘌呤类。

• dN/dS比例，即非同义突变和同义突变的比例；
• 各种碱基变化的发生频率（比如A>C, G>A, U>G等等），这里不展开；
  
• 各个基因突变数目的比例，比如对于益生菌19来说，正常情况下，S基因突变的突变占比应该显著高于其他基因，这里也不展开。
  

• 基线一：Ts/Tv大致为2:1；
• 基线二：各类SNP的发生频率如下表所示：

• 上面说过，Ts/Tv的基线值差不多是2:1，然而这条序列飙到了19.3:1；
• 上面还说过，G>A的基线值差不多是12.4%，然而这条序列飙到了27.9%；
• 还有dN/dS比例等参数也严重偏离基线，为了行文简洁，这里不展开。
  

• 上面这组突变速率爆表的阴间变异株，最早在日本三重县检出，现在一共15条测序记录，现在已经蔓延到关东（埼玉县），也就是说几乎一定发生了续发传播；
• 这个子分支的首条序列于2022年10月24日采样，最新一条序列则于12月23日采样，同样表明，发生续发传播的可能性非常大；
• 这货的底子是日本常见的BF.5，演化树分析显示，这货从BF.5分支出来还不到三个月（这一点也大致符合流行病学方面的证据）；
• 然后在这三个月时间里，这货累积出整整23个碱基突变……
• 其中，Ts:Tv比例高达10.3（上面提到过，基线水平为2）；
• 另外，dN/dS比例和S基因突变比例也出现了很大偏差（照惯例，不展开）。

（Haseltine老爷未卜先知，太威武了！）