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用于菌群结构谱或宏基因组测序分析的口腔微生物取样方法

2017-07-04 江舜尧 微生太

一、样本筛选

1、如果受试者存在以下情况,则需剔除。

(1)慢性口干;

(2)牙周袋≥ 4 mm;

(3)未处理的空洞龋病变或者口腔脓肿;

(4)癌前或癌损伤;

(5)念珠菌病;

(6)口臭;

(7)各种原因引起的牙齿缺失 8 颗牙齿以上者;

(8)多于 10%的探诊位点出血。

2、筛选过程需要专业的口腔检测设备及操作方式。

3、详细调查最近的口腔感染、炎症、脓疱、溃疡、良性或者恶性包块等口腔病史。并记录口腔预防或者牙周病治疗的时间长度。

4、完整的软组织检查,包块齿龈、口腔粘膜、舌、咽、扁桃体,并详细记录结果。

5、记录牙齿的数量,受试者应至少有 24 颗牙齿。

6、记录未处理的空洞性龋齿损伤和修复的牙齿的数量。

7、至少 6 项牙周检查,包括mesiofacial, midfacial, distofacial, mesiolingual, midlingual,distolingual.

8、牙周的检查应该包括完整的口腔,探诊深度、探针出血。

二、取样部位

主要包含唾液、软组织部分(舌背部、上颚、口腔粘膜、角质化的牙龈、腭扁桃体、咽喉)、坚硬部分(龈下牙菌斑和龈上的牙菌斑),各部位例图如下:

三、收集方法

1、唾液

(1)要求受试者保持唾液在口中持续至少 1min,然后吐到灭菌后的离心管中,为了保证收集到足够多的唾液(2-5ml),这个过程通常需要重复多次;

(2)唾液的产生可通过咀嚼天然原味口香糖进行刺激(1.0-1.5g)。受试者要有规律地咀嚼,当有足够的唾液时,吐到灭菌的离心管中,之后的步骤与 1 同;

(3)收集好灭菌管后,用自封袋封存,置于冰上,2h 内运输到实验室,-80°保存备用。

注意:在无菌管管盖和管壁上都写上样品名称,样品名称只能用英文字母或阿拉伯数字或两者的组合,而且字符数不小于3且不大于9;下同。

2、软组织样本

所有的软组织样本都用拭子刮取。刮取后,立即在含有 750ul 的 MoBiobuffer 中涡旋。拭子上的海绵应该在离心管壁多按压几次,约 20s,以确保将细菌转移到 buffer 中。然后将buffer 在-80°冷冻保存备用。

(1)舌背部:刮取舌中心1cm2的部位,约 5s;

(2)上颚:刮取整个坚硬的上颚,约10s;

(3)口腔粘膜:刮取左侧和右侧的整个口腔粘膜区,每侧约10s,要注意不要接触到牙齿;

(4)角质化的牙龈:刮取颚前方的牙龈,约10s;

(5)腭扁桃体:分别刮取左侧和右侧的腭扁桃体5s;

(6)咽喉:由于条件反射,这个部位非常难收集,若需要取,建议取完别的部位后再取。慢慢地将拭子放入咽部后方,约 5s。注意不要刮到扁桃体。

3、坚硬部位样本

(1)龈上牙菌斑:记录牙菌斑取自哪颗牙齿,如臼齿,前臼齿,门牙。首先干燥即将取样的部位,其次用 Gracey 刮匙刮取尽可能多的牙菌斑,最后将刮匙浸没到buffer 中,约 4-5s,将刮匙表面的物质都收集到灭菌管中。收集好灭菌管后,用自封袋封存,置于冰上,2h内运输到实验室,-80°保存备用;

(2)龈下牙菌斑:与龈上牙菌斑处理方式相同,需要注意要清除残留的龈上牙菌斑,并注意要丢弃有出血的样本。

四、送样方法

所有样品采集完毕后联系北京微生太科技有限公司取样。微生太将派送干冰到样品所在地,将样品放进派送干冰的泡沫盒,封严后交给物流师傅既可。



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