微生物SCI一区期刊介绍
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微生物学分类的SCI期刊全球收录124个。其中有20个OA。有顶级杂志NRM，还有经常会看到的Cell Host ＆ Microbe，以及微生物生态学的顶级杂志 The ISME Journal等。OA有生物医学中心（BMC）的期刊Microbiome、BMC Microbiology，美国微生物学会（ASM）的mBio，科学公共图书馆（PloS）的Plos Pathogens以及Frontiers Media创办的frontiers系列的Frontiers in Microbiology等期刊。
在JCR (Journal Citation Reports)分区中，同一分类期刊中，排名前25%为一区，25%-50%为二区，50%-75%为三区，75%-100为四区。2016年一区期刊有31个，其中NAT REV MICROBIOL是一区第一名，2016年IF=26.819；而一区最后一名是FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY，2016年IF=3.72。
排名 Rank | 期刊名缩写 Abbreviated journal title | 2016年IF
| 排名 Rank | 期刊名缩写 | 2016年 IF |
1 | NAT REV MICROBIOL | 26.891 | 17 | ENVIRON MICROBIOL | 5.395 |
2 | CLIN MICROBIOL REV | 19.958 | 18 | CLIN MICROBIOL INFEC | 5.292 |
3 | CELL HOST MICROBE | 14.946 | 19 | J ANTIMICROB CHEMOTH | 5.071 |
4 | MICROBIOL MOL BIOL R | 14.533 | 20 | VIRULENCE | 4.665 |
5 | FEMS MICROBIOL REV | 12.198 | 21 | CELL MICROBIOL | 4.554 |
6 | TRENDS MICROBIOL | 11.020 | 22 | INT J ANTIMICROB AG | 4.307 |
7 | ISME J | 9.664 | 23 | ANTIMICROB AGENTS CH | 4.302 |
8 | ANNU REV MICROBIOL | 9.415 | 24 | FRONT CELL INFECT MI | 4.300 |
9 | MICROBIOME | 8.496 | 25 | FRONT MICROBIOL | 4.076 |
10 | CLIN INFECT DIS | 8.216 | 26 | SYST APPL MICROBIOL | 3.931 |
11 | MBIO | 6.956 | 27 | MOL MICROBIOL | 3.898 |
12 | CURR OPIN MICROBIOL | 6.635 | 28 | APPL ENVIRON MICROB | 3.807 |
13 | PLOS PATHOG | 6.608 | 29 | FOOD MICROBIOL | 3.759 |
14 | CRIT REV MICROBIOL | 6.281 | 30 | J ORAL MICROBIOL | 3.723 |
15 | J INFECT DIS | 6.273 | 31 | FEMS MICROBIOL ECOL | 3.720 |
16 | EMERG MICROBES INFEC | 5.605 |
以下挑选了一区15个较为有名的非综述类的微生物学期刊进行介绍，并做了2年及5年影响因子、5年发文量的统计。供大家参考，以便确立自己发表文章的目标期刊。
1.Cell Host＆Microbe
《细胞：宿主与微生物》，Cell子刊。2007创刊，期刊地点在美国哥伦比亚。
期刊涉及范围：①分子与细胞微生物学；②微生物病原体；③宿主细胞和免疫对微生物的应答；④免疫逃避；⑤感染治疗。
简介：期刊被爱思唯尔出版集团数据库scicencedirect收录；两年影响因子14.946，5年影响因子13.921；月刊，近5年年文章数呈增长趋势，年刊载文章数150-200篇左右。
期刊网址 http://www.cell.com/cell-host-microbe/home
2.Trends in Microbiology
《微生物学趋势》，Cell出版社刊物，1993年创刊。期刊地点在美国哥伦比亚。
期刊宗旨是提供一个多学科论坛讨论微生物学的各个领域，从细胞生物学、免疫学到遗传与进化，也包括病毒学、细菌学、原生动物学及真菌学。期刊范围涉及环境微生物学、生物多样性、分子微生物学，也包括基因组学、动植物宿主与病原菌的相互关系、宿主免疫应答等内容。
简介：期刊被数据库scicencedirect收录；两年影响因子11.02，5年影响因子10.239；月刊，近5年年文章数呈增长趋势，年刊载文章数80-110篇左右。
期刊网址：http://www.cell.com/trends/microbiology/home
3.The ISME Journal
《国际微生物生态学协会期刊》，ISME 是The International Society for Microbial Ecology的首字母简写。Nature出版集团，Nature子刊，1998年创刊，期刊地点在英国伦敦。
期刊涉及范围：①微生物群体与群落生态学；②微生物间及微生物与宿主相互作用；③基因组学及后基因组学方法在微生态中的应用；④环境中微生态及功能的多样性。
简介：期刊文章可在Springerlink数据库中检索；2年影响因子是9.664，5年是11.63。月刊，年刊载文章数200-240篇左右。
期刊网址 http://www.nature.com/ismej/index.html
4.Microbiome
《微生物组》，为生物医学中心（BioMed Central）出版期刊，2013年建刊。生物医学中心（BMC）是1999年建立出版集团，致力于学术OA的建设，其出版的所有刊物都是OA。BMC系列数量最多，涉及微生物的有BMC Microbiology。期刊涉及范围广泛，致力于解决微生物菌群存在的问题，诸如微生物检测、生物信息学、宏组学技术、菌群与宿主相互关系、微生态学等。
简介：可在Pubmed数据库中检索；2年影响因子8.496，5年影响因子9.42；月刊，近5年发文量总体呈增加趋势，年刊载文章数30-80篇左右。
期刊网址https://microbiomejournal.biomedcentral.com/
5.mBio
为美国微生物学学会（American Society for Microbiology,ASM）与美国微生物学协会（American Academy of Microbiology,AAM）联合出版，2010年创刊，期刊地点在美国华盛顿。mBio期刊是ASM第一个在网络出版的电子版期刊，其为OA，发表微生物及相关领域的最好研究及综述类文章。
期刊涉及微生物领域的很多内容：①微生物与生物、非生物物质相互作用后，进行能量获取、转化等行为；②共生、寄生关系；③微生物造成的气候、地质的变化；④微生物相关的食品、药物等；⑤微生物造成的动物宿主行为的变化。
简介：2016年影响因子为6.956，5年影响因子为7.165。半月刊，近5年发文量为上升趋势，年刊载文章数200-400左右。
期刊网址 http://mbio.asm.org/
6.PLoS Pathogens
《病原菌》为美国科学公共图书馆（Public Library of Science，PloS）出版，PLoS创立于2000年10月，是多名诺贝尔奖得主与慈善机构支持的非赢利性学术组织，其宗旨是为科技人员和医学人员服务，并致力于使全球范围科技和医学领域文献成为可以免费获取的公共资源。旗下有7大期刊，PLoS ONE是其中知名度较高、刊文量较大的期刊。
PLoS Pathogens，2005年创刊，期刊地点在美国旧金山。
期刊涉及范围广泛，包括但不限定于：宿主与病原菌的互作、宿主对病原菌的免疫应答、病原菌的致病机理、爆发性病原菌等。期刊不接收对病原菌的纯描述性文章。
简介：2016年影响因子为6.608，5年影响因子为7.456。月刊，近5年发文量较为均匀，年刊载文章数600-700左右。
期刊网址http://journals.plos.org/plospathogens/
7.Environmental Microbiology
《环境微生物学》，应用微生物学会（Society for Applied Microbiology，SfAM）于1999年创建该刊。期刊地点在英国牛津市。
期刊宗旨是致力于提高人们对微生物与微生物、微生物与宿主、微生物与环境互作的理解。
简介：OA期刊，期刊文章可在Willey Library数据库中检索，2016年影响因子为5.395，5年影响因子为5.965。月刊，近5年发文量呈增加趋势，年刊载文章数250-400左右。
8.Journal of Antimicrobial Chemotherapy
《抗菌剂化疗期刊》，牛津大学出版社出版，隶属于英国抗菌剂化疗学会（British Society for Antimicrobial Chemotherapy ,BSAC），1977年创刊。在抗菌药物研究方面的期刊中属于一流期刊。
期刊较为关注抗菌药物的研究，如抗细菌药物、抗病毒药物、抗真菌药物、抗原生动物药物等。期刊每年会增2-8期，为正在研究中的药物及旧药新用提供一定发文空间。
简介：2016年影响因子为5.071，5年影响因子为5.173。月刊，近5年发文量较为均匀，年刊载文章数500-600左右。
期刊网址https://academic.oup.com/jac
9.Antimicrobial Agents and Chemotherpy
《抗菌药物与化疗》，美国微生物学学会（American Society for Microbiology,ASM）旗下刊物，1972年创刊。期刊地点在美国华盛顿。
期刊注重抗菌药物的应用、药理机制与其他化学疗法的研究内容，也发表关于动物模型、药物描述以及临床试验的研究。覆盖化学、合成生物学，抗生素耐药性机理、药敏试验，生物应答，抗病毒药物等。
简介：2016年影响因子为4.302，5年影响因子为4.516。月刊，近5年发文量较为均匀，年刊载文章数1000-1100左右。
期刊网址http://aac.asm.org/
10.Frontiersin Microbiology
《微生物学前沿》，瑞士Frontiers Media出版，2010年创刊。
期刊范围：抗菌药物、耐药性及化学疗法，微生物生理及代谢，水域微生物，微生物共生，极端环境微生物，食品微生物，植物与微生物互作，感染病等。
简介：OA期刊。2016年影响因子为4.076，5年影响因子为4.526。月刊，近5年发文量增幅较大，因涉及领域较广，年刊载文章数最大达2000篇。
期刊网址http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology
11. Applied and Environmenal Microbiology
《应用与环境微生物学》，1953年创刊，美国微生物学学会（American Society for Microbiology,ASM）旗下刊物。期刊地点在美国华盛顿。
期刊涉及范围：遗传分子生物学、公共卫生微生物学、微生态学、环境微生物学、食品微生物学、植物微生物学等。
简介：2016年影响因子为3.807，5年影响因子为4.282。半月刊，近5年发文量呈上升趋势，年刊载文章数900-1100篇左右。
期刊网址 http://aem.asm.org/
12.Food Microbiology
《食品微生物学》，学术出版社（ACADEMIC PRESS）出版，1984年创刊。期刊地点英国伦敦。
期刊会考虑接收以下主题的文章：
①食品制作或食品安全中微生物的生理、遗传、生化及行为。
②食品加工制作过程中微生物的作用。
③食源性微生物及毒力因子检测、鉴定等的方法。
④品安全中的微生物
⑤食品腐败中的微生物
简介:文章可在Sciencedirect数据库中检索，2016年影响因子为3.759，5年影响因子为4.027。月刊，近5年发文量层次不齐，年刊载文章数200-250篇篇左右。
期刊网址https://www.journals.elsevier.com/food-microbiology/
13.Journal of Oral Microbiology
《口腔微生物学》，出版商Taylor& Francis，2013年创刊。期刊地点瑞典。
期刊主题涉及：口腔健康，微生物组，基因组学，宿主与病原菌的关系，口腔感染，环境微生物学，微生物生态学，流行病学等。
简介:文章可在Taylor& Francis Online数据库中检索，2016年影响因子为3.723。年刊，近4年发文量参差不齐，因一年只有一期，年刊载文章数15-30篇左右。
期刊网址http://www.tandfonline.com/toc/zjom20/current
14.FEMS Microbiology Ecology
欧洲微生物学会联合会(FEMS=Federation of European MicrobiologicalSocieties)：《微生物生态学》，隶属于牛津大学出版社，1985年创刊，期刊地点在英国牛津。
刊载涉及土壤、水域及大气中的微生物生态学内容，也包括微生物与其它有机体之间相互的作用的研究内容。
简介：OA，可在Willey数据中检索。两年影响因子3.72，5年影响因子4.295；月刊，近5年载文数呈现波动，年文章数180-240篇左右。
期刊网址 https://academic.oup.com/femsec
15.Nature Microbiology
《自然：微生物学》，Nature出版集团2016年创刊，故暂时没有影响因子，但这不影响它是个好期刊，刊载的文章质量非常高、值得阅读。期刊影响因子出来时必定是一区期刊。
期刊涉及范围：凡是涉及微生物学的所有领域均可，只要最够优秀，都可发表于其上。具体包括：①微生物的进化、生理及细胞生物学；②微生物之间的相互作用与宿主和环境的相互作用；③抗菌药物及抗生素耐药性问题。
2016年发表文章224篇，至2017年8月8日，发表文章数142篇。
期刊地址 https://www.nature.com/nmicrobiol/
注：文章数据来源于Web of Science（http://isiknowledge.com/）数据库。
作者：朱见深，山东大学微生物重点实验室，2016级硕士研究生。
联系方式：17862952677（也是微信号）
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5. 分析内容：
分析项目 | 分析 | 备注 | |
基础分析项目 | |||
原始测序数据的质控 | |||
1 | 原始测序数据的处理 | √ | |
2 | 疑问序列的剔除 | √ | |
3 | 高质量序列长度分布统计 | √ | |
序列归并和OTU划分 | |||
1 | OTU划分 | √ | |
2 | OTU分类地位鉴定 | √ | |
3 | OTU精简和分类鉴定结果统计 | √ | |
4 | 多样本共有OTU的Venn图分析 | √ | 样本（组）≤ 5 |
常规分析项目 | |||
Alpha多样性分析 | |||
1 | Rarefaction稀疏曲线 | √ | |
2 | Specaccum物种累积曲线 | √ | 样本≥ 10 |
3 | 丰度等级曲线 | √ | |
4 | Alpha多样性指数计算 | √ | |
分类组成分析 | |||
1 | 各分类水平的微生物类群数统计 | √ | |
2 | 各分类水平的分类学组成分析 | √ | |
3 | Metastats分析 | √ | 样本（组）≥ 2 |
4 | LEfSe分析 | √ | 分组≥ 2 |
群落组成交互式可视化 | |||
1 | 系统发育树构建 | √ | |
2 | MEGAN可视化展示 | √ | |
3 | GraPhlAn可视化展示 | √ | |
4 | Krona交互式展示 | √ | |
5 | 热图分析 | √ | 样本≥ 3 |
Beta多样性分析 | |||
1 | PCA分析 | √ | 样本≥ 3 |
2 | UniFrac-PCoA分析 | √ | 样本≥ 3 |
3 | UniFrac-MDS分析 | √ | 样本≥ 5 |
4 | UniFrac-UPGMA聚类分析 | √ | 样本≥ 3 |
5 | 基于UniFrac距离的多组比较和箱线图展示 | √ | 分组≥ 2 |
高级分析项目 | |||
菌群比较分析和关键物种筛选 | |||
1 | RDA分析 | √ | 样本≥ 3：提供影响因素数值或分组≥ 2 |
2 | PLS-DA分析 | √ | 分组≥ 2 |
3 | Adonis/PERMANOVA分析 | √ | 样本≥ 3：提供影响因素数值或分组≥ 2 |
4 | ANOSIM分析 | √ | 分组≥ 2 |
5 | 随机森林分析 | √ | 分组≥ 2 |
优势物种互作关联网络分析 | √ | 样本（组）≥ 3 | |
群落代谢功能预测 | √ | 仅限16S rRNA基因数据 |
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