北京新冠病毒序列公布！
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3个最近在北京取样的新冠病毒序列并不一样，暗示可能早在1-2个月前，新冠病毒已经在北京社区里默默传播了。
撰文 | 史隽
全球确诊人数 8242999
全球死亡人数 445535
（截至发稿时的最新数据 ，来源|WHO）
在4月21日的一篇日记《详解病毒基因序列追踪流调大法》里面，我曾经提到过病毒序列共享和Nextstrain这个计划。
一场流行病暴发以后，世界各国的科学家们都会测序新收集到的病毒样本。因为疫情紧急，很多科学家会把尚未发表的病毒基因序列上传到一些共享数据库 (例如GISAID)，和全世界共享。
西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心的Trevor Bedford等病毒进化专家团队组织了一个名为Nextstrain的项目。科学家们会尽快去把共享的病毒序列下载到Nextstrain的后台，将这些序列纳入全球传播地图，并在nextstrain.org上公布新冠病毒的基因组流行病学的最新信息，更新病毒家族树谱。
Nextstrain软件平台在过去几年逐步开发完善，曾应用于埃博拉、Zika和季节性流感等疫情，旨在让基因组流行病学在疫情期间尽快地发挥作用。今年它也在时刻更新新冠病毒的传播信息。
今天，Nextstrain的twitter公布了新的3条新冠病毒基因序列，均来自最近北京暴发的病毒样本。这3个样本采集于2020年6月11日，两个来自于感染者，一个是环境采样。由中国疾控中心病毒病预防控制所(NIVDC）快速测序并且在GISAID共享。
这3个序列落在一个进化簇中，该簇包含了很多来自欧洲的样本(图1，上下两幅)，和2020年3月19-20日采样的3个输入北京的病毒的基因序列很不一样。
图1 全球新冠病毒家族树谱。上图以取样时间为横坐标，下图以突变的数目为横坐标。（点击看大图）
在全球架构中，和这3个北京的序列最接近的序列来自捷克、中国台湾、希腊和葡萄牙（图2）。因为Nextstrain最近精简了数据库里的很多重复的序列，还不能确认北京的病毒到底来自什么地方。
图2（点击看大图）
如果按地区分布看，在亚洲架构中（图3），北京的序列和来自捷克、中国台湾、丹麦、哥伦比亚、以色列和奥地利的序列很接近。
图3（点击看大图）
在欧洲架构中（图4），北京的序列和来自捷克、丹麦等许多欧洲国家的序列很接近，其中和来自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1个突变。
图4（点击看大图）
因此从基因序列分析来看，北京最近传播的新冠病毒与欧洲流行的病毒有关。但是因为与许多国家/地区的序列类似，还无法定论它可能起源于何处，何时传入北京的。
最后，最重要的一点，北京的3个病毒基因序列虽然接近，但都不相同。样品 (1) 和样品 (2、3) 之间已经有两个突变 (图5)。其中第一步突变（A29694C）样品（2、3）都有，但是第二步突变是不一样的 (C12085T和A11910G)。这暗示了在暴发之前，新冠病毒可能已经在北京社区里默默传播了一段时间。因为新冠病毒的变异速度不算快，平均每月突变两次。如果是一个点 (新发地市场) 短时间内的暴发，病毒的基因序列很大可能是一样的。
图5（点击看大图）
以前的日记里面也讲过 (详见《开棺验尸：各国到底何时起出现新冠病毒感染 | 117疫情观察》)，世界很多地区，例如美国的西雅图和纽约，法国巴黎等，新冠病毒都是在社区里默默地、不被人们所意识到地传播了1-2个月，才引起了全面的暴发。北京的新冠病毒的社区传播很可能也在1-2个月之前就开始了。
参考文献
https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512
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