转录组之BodyMap
BODYMAP:是关于人和老鼠基因表达信息的数据库,基因表达数据来自于不同组织、不同细胞以及不同时刻。通过分析这些数据,可以初步掌握基因活性,了解组织中mRNA的组成。如果你对这个数据库感兴趣,那就google吧,结果你看到的将会是这样一幅场景:婴儿,小说,fashion label.......
数据库的构建
数据库建于1993年,数据来源于日本大阪大学(Osaka University)构建的无偏cDNA文库的3'端EST序列,截止到2000年包含有大于270 000 条来源于60个人和38只老鼠组织的序列。BodyMap是首次致力于去鉴定人和老鼠的基因和基因表达信息。数据库的构建是通过开头为GATC
的引物序列去扩增3' 定向cDNA文库,并按照以下标准进行筛选和去冗余:
大于5% 的Ns,开始不是
GATC
,或者有多个GATC
的序列去掉;在50bp的重叠区域有 大于90% 的相似性;
70%的EST序列长度是载体序列或核糖体序列;
新提交的序列用FASTA进行序列比对,50bp重叠区域大于95%相似性的将被认为是相同的tag而进行聚类;
数据库的使用
Composition of mRNA
Expression patterns of genes
Select genes by expression patterns
但是官网都打不开,也看不到结果 (┬_┬)
还是不甘心,继续 google ..........终于的终于找到了一个能打开的小鼠 bodymap 网页了