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盲区探索——Stata的读写极限

爬虫俱乐部 Stata and Python数据分析 2023-10-24

本文作者:罗天尧,新疆大学商学院

本文编辑:周一鸣

技术总编:方一卓

Stata and Python 数据分析

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1. 问题的提出

爬虫俱乐部寒假特训课程开课了!课程学习中,大家学习热情日益高涨,精彩提问络绎不绝,面对大家的踊跃提问,我们爬虫俱乐部也及时解惑,详实回答,得到了大家的一致好评。其中,有位同学抛出了一个Stata导入文件的问题,秉着严谨科学的态度,我们不仅要回答这个问题,还要对其进行极限测试。

2. 生成测试数据

这里我们先生成一个200M的文件来进行测试,文件每列内容均是从1到n的数字。

2.1python实现

实际测试最快的方法。

为了节约操作时间,我们先使用python的xlsxwriter模块,自动化生成测试用的xlsx文件,具体的实现代码如下(可依据设备配置调参):

# coding:utf-8'''excel的函数不会占用存储空间,但会拖累加载速度模块效率对比: openpyxl: 文件大小为110.75kb, 平均时间大约为570ms xlwt: 文件大小为505.91kb,平均时间大约为440ms XlsxWrite: 文件大小为109.28kb,平均时间大约为500ms,且能最大规模的写入信息 xlwt写入的行数有限制,因此对于较大的文件来说,XlsxWrite的速度较快一点'''
#1.导包import xlsxwriter #最大能够支持1048576行数据,16384列数据import timefrom tqdm import tqdm,trange
#2.定义对象start=time.time()workbook=xlsxwriter.Workbook('test2.xlsx') #占用过大可加,{'constant_memory': True}(即时写入,类似excel写入+保存的做法,释放内存)worksheet=workbook.add_worksheet()workbook.allow_zip64 = True #缺失会抛xlsxwriter.exceptions.FileSizeError异常''' zip64,对4G以上文件的压缩;溯源到xlsxwriter的workbook类导入的zipfile;会在workbook.close()的异常处理中执行'''bold=workbook.add_format({'bold':True}) #一个格式对象clock_range=tqdm((i,k) for i in(i for i in range(5151)) for k in (k for k in range(16385))) #通过生成器降低内存占用clock_range.set_description("正在生成")
#3.执行生成操作for z in clock_range: worksheet.write(z[0],z[1],z[0],bold)workbook.close()
end=time.time()print(f"生成用时:{end-start}")

另一种通过dataframe传入excel的方式。

import timeimport pandas as pdimport numpy as np
start=time.time()df = pd.DataFrame(np.random.randn(5150,16384))df.to_excel("test2.xlsx")end=time.time()print(f"生成用时:{end-start}")
2.2stata实现

Stata的实现代码短小精悍,但是耗时过长。

/*这里由于Stata导出时间过慢,我们只尝试生成了12000*900的数据集,生成的文件大小为138 MB,耗时1338.79s*/clearset maxvar 120000set obs 120000qui{ forvalues i = 1(1)900{ gen a`i'= `i' forvalues x = 1(1)120000{ replace a`i'= `x' in `x' } }}export excel using "C:\Users\Administrator\Desktop\test_stata.xlsx"
2.3excel实现
想自己测试的同学,也可以使用excel生成测试文件。但切记:将计算选项调为手动,否则会因后台计算导致执行过慢;批量生成+保存,释放内存空间;不要用函数压榨本就脆弱的excel;分批填充,步步为营。
3. 测试import_excel的极限

本次测试使用的移动端配置:

3.1测试中遇到的问题
3.1.1 导入受限

正式测试开始,将数据导入Stata数据集。但stata导入excel文件的默认上限为40M ,如果超过这个上限,Stata会报错为“file could not be loaded”或“file too big”。

好在我们还可以通过help import_excel来查看帮助文件。Stata给出的解决方案有两种,一是选择分批导入数据;二是在命令框执行set excelxlsxlargefile on选项,设定开启大型excel导入选项。

之所以设置了导入excel上限是由于,Stata认为无约束的导入文件,会影响计算机的性能,导致计算机无法再完成额外的操作。具体来说,不论是Python、excel还是Stata,在进行读写操作时主要是占用内存空间。而在这种极端测试下,Stata或Python都会占满内存,导致计算机无法再为其他任务分配运行内存,进而会强制关闭其他进程、禁止开启进程,甚至是会结束系统进程,导致计算机卡死。

本次测试中,电脑的16G内存持续飘红,风扇呼啸,直至测试结束。下图为内存占用导致的问题。

3.1.2 导入不完整
为了探索Stata的极限盲区,我们选择开启 excelxlsxlargefile。
set excelxlsxlargefile ontimer clear 2timer on 2import excel "D:\temp\test2.xlsx", sheet("Sheet1") clear //注意声明sheettimer off 2timer list 2

最终,Stata还是无法将整个excel导入。导入的结果为,在excel的5150*16384格式中,只导入了5150行2627列的数据;如果算上缺失值的话,那么Stata导入了1048576行2627列数据。

这里手动调用timer计时器,计时单位为秒,相当于此次不完全导入测试文件,花费了约一个半小时的时间。

3.1.3 导入报错

关于r(3900)的报错问题,我们在Stata官方的操作笔记中查到,报错意为:数据内容超过了Mata矩阵的存储空间,且没有内存再能为其分配。

Mata是Stata内置的矩阵语言,是为了进行高效运算设计的。在import命令的源文件中可以看到,Stata便是调用了Mata来完成操作的,所以会产生Mata的报错问题。
3.2测试导出为dta文件

随后我们开始尝试将数据导出。首先将文件到出为Stata的dta格式。

timer clear 1timer on 1save "C:\Users\Administrator\Desktop\test.dta" timer off 1timer list 1

可以看出,导出的时间相较于导入还是有明显提升的。但是右键打开生成的文件可以发现,这个文件被放大至了20G左右。

3.3测试导出为csv文件

进一步,我们测试主流的csv文件。csv是一种纯文本格式,在各个软件中的可读性都较强。

timer clear 5timer on 5export delimited using "D:\temp2\test.csv", replacetimer off 5timer list 5

导出的速度与dta文件类似。

占用空间约为dta格式的十分之一。

3.4测试导入dta文件

再次尝试导入dta文件。相较于导入excel,速度已经有了较大提升。

timer clear 3timer on 3use "C:\Users\Administrator\Desktop\test.dta", clear timer off 3timer list 3

3.5测试导入csv文件
timer clear 6timer on 6import delimited "D:\temp2\test.csv", cleartimer off 6timer list 6

4. 测试结果

由于Stata对excel格式的导出变量数量有限制,我们暂未测试其导出(写入)时间。前期通过python写入200M的excel文件,花费了约七分半(181 s(生成)+280.62s(写入));Stata生成的138M的excel文件,约为22分钟(1338.79s)。

从实验结果可以看出,excel的读取能力确实是乏善可陈,但其胜在文件精简,这可能来源于excel内置的动态压缩功能。例如,我们办公时对excel增量写入,保存后的文件占用可能小于原文件。为此我们进行了一个小测试:我们制作了两份相同的excel数据,当将二者合并时,新文件占用空间总是小于原文件占用空间的。除此之外,前文python代码对allow_zip64传入的参数(出现4G以上文件时会调用zip64,发生在文件保存关闭时),似乎也是在佐证这一点。

从读写速度来看,dta与csv格式文件还是具有相当优势的,尤其是最通用的csv格式。

同时,在实验中我们并未关闭Stata或清空Stata中的数据集,不管是在读取结束后,还是在导出保存文件后,电脑内存依旧被满额占用。Stata拥有快速计算能力的原因,一方面是其自身的算法与矩阵语言优势,另一方面可能来源于CPU对内存数据的快速调动;对比excel文件,每次我们保存数据后,内存占用率总是下降的。

当我们使用clear all命令后,一切都回归于平静。

5. 稳健性检验

为进一步明晰Stata对不同格式文件的读写能力、空间占用问题,本文选取了一份文本分析数据集用以进行进一步检验,其中包含了int、strl等多种变量格式。

use "C:\Users\Administrator\Desktop\管理层讨论.dta" des

从结果可以看出,我们的结论基本与前期一致:excel格式空间占用精简,但读写能力较差;dta与csv的空间占用较大,但写入能力优势明显。

值得注意的是,与前文结论相比,csv格式的读入能力出现了偏差。翻阅Stata的输出记录,我们发现了一些问题,Stata频繁的在输出没有报错的提示信息。这是由于csv是一种文本格式文件,存储的内容没有明显的分隔符,而我们测试的数据集中是存在大量文本信息的,Stata并没有很好的识别这些信息,导致在分割变量时耗用了大量时间,且读取的信息是完全错误的。

最终,我们在import_delimited的可选项下尝试了多种策略,Stata依然无法正确且成功的处理csv中的文本数据,同时Stata认为我们在挑战极限。

6. 未来及展望

由于现行消费级的主板,暂支持16g的内存,因此我们还无法投入过多成本去完成这一实验。


注: memory_used 是Stata中数据集占用的内存,单位 GB;obs表示数据集中的观测值数量;width 表示一行观测值占用的字节数;24 ,Stata 建议预留24个字节缓冲。

但对于有更多内存的测试者来说,还可以从Stata的操作笔记中可以获悉一些有关Stata内存的信息:memory(显示内存分配详情及利用率),query memory(查看memory的设定范围),set max_memory 16g, permanently(将memory指定为16g)。

从help memory的文档中我们可以知晓,其实我们并不用对Stata的内存进行设置,他会默认动态的调整空间分配。但对于有32g内存以上的测试者来说,可以尝试设置segmentsize(内存分段,提升内存利用的连续性),niceness(呼吸值,动态释放内存),以便更出色地完成实验。

同时,在一封Stata17发布前的官方Q&A信我们得知,对于文件读取的压力,不仅来源于Stata的处理能力限制,还来源于操作系统、类似DLL动态库占用的限制。正是因为这些不确定性,导致Stata有时能完成大数据集的导入,而第二次则可能失败。当然Stata也在积极努力去减少动态库的使用与内存碎片,同时建议用户考虑减少不必要的数据。未来的测试者可以尝试削减系统潜在的占用,或通过虚拟内存来完成测试。

注:现行Stata支持的最大数据集结构
总的来说,这次测试出现了死机、报错等多种问题,但好在Stata官方文档与报错提示,给我们提供了一定的思路支持。通过这次试验也说明,对于普通的Stata用户来说,dta文件还是最优选择;善用compress命令来压缩dta文件。
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END

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