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[后台点播] Omicron：毒王族谱（2022年9月23日第一次更新）
前言
这些朋友的疑问其实挺有代表性，最近确实新的英文字母组合层出不穷，
然后Pango委员又只管杀不管埋，确实不太容易查得到这些英文字母组合背后的演化路径。
但是经常被咱公众号搬运的Cornelius小哥，很贴心地解决了这个难题，并且吧，他身为第一线维护Nextstrain的程序猿，直接利用现成平台，把这些英文字母组合放进了演化树里，比之前咱这边搞的excel表格可要醒目多了。
下面咱们就一起品鉴。
——请首先品鉴：
系统发生树默认规矩，越靠下的分支越少，所以下面咱们按照从下到上的顺序慢慢分析。
——BA.4一家子，请品鉴：
如上所述，每一个小圆点，都是BA.4家族下面一个独立的子分支； 每个子分支对应枝干上的突变，则是这个子分支的特征定义突变（为了简洁，这里只显示了氨基酸层面上的变异，沉默突变全部省掉了）； 本来整个BA.4家族应该从红框处开始算起（特征定义突变为ORF1a:141/143del, ORF7a:L11F和N:P151S），但是有个特例BA.4.8，它是由回复突变定义的，所以体现在系统发生树上，它的位置反而更靠左边； 如图所示，BA.4家族一共20个子分支（截止2022年9月22日）。
——BA.5全家福，请再品鉴：
由于BA.5家族人丁兴旺，足足有106个子分支，所以上图不大看得清楚，不过各位请稍安勿躁，下面咱还会近距离品鉴； 这里只说一说最下面红框框出来的几个子分支（正如之前提到过一嘴，越靠下的分支越少，所以这几个子分支暂时都是孤家寡人状态）； 总之，红框框出来的分别是BA.5.7（特征定义突变：ORF1a:E91K, ORF1a:T350I、ORF1a:M2096L和ORF7a:H47D）； 以及，BA.5.8（特征定义突变：ORF1a:M2096L、ORF1b:V1271L、ORF1b:T2376I和S:P1162L）； 最后还有BA.5.9（特征定义突变：ORF1a:T3750I和S:R346I）。
——BA.5.5一家四口：
——BA.5.6一家四口：
BA.5.6的特征定义突变是ORF1b:A1312V和ORF1b:T2537I； 比较值得注目的是BW.1（即BA.5.6.2.1），相对于原始版BA.5多出了刺突蛋白S:K444T和S:N460K，毒王潜质已经基本具备。
——重点来了啊，BA.5.3一家15口：
BA.5.3的特征定义突变是ORF1a:Q556K； BA.5.3家族最值得注意的，显然是现如今毒王排行榜的榜一大哥BQ.1.1（即BA.5.3.1.1.1.1.1.1……）； 可以看到，从BA.5.3到BQ.1.1，一路都是抗原漂变（梯子状演化树），这也是大流行以来非常少见的抗原漂变类变异株（BQ.1.1）战胜跃迁突变类变异株（BA.2.75.2）的例子； 为啥BQ.1.1如此厉害？因为这玩意儿在抗原漂变过程中，连续抽中了至少三份大奖……上图红框框出来的S:K444T、S:N460K和S:R346T，全都是抽奖抽到的增益效果巨大的突变。
总之，关于BQ.1.1的详细介绍请见：《次世代毒王争霸赛已经揭开序幕（BQ.1.1、BA.2.3.20和XBB）》；另外，关于抗原漂变VS跃迁演化的介绍请见：《激战！流感VS新冠！（演化路径篇）》。
——BA.5.1一家23口，请继续品鉴：
——BA.5旗下最繁茂的分支，BA.5.2一大家子56口：
BA.5.2的特征定义突变是ORF9b:D16G； BA.5.2是目前的全球主流毒株（是的各位没看错，BA.5家族内部暗搓搓地发生了从BA.5.1到BA.5.2的新老交替）； BA.5.2旗下的BA.5.2.1正是最近困扰深圳的罪魁祸首（延伸阅读：《关于BF.15的乌龙球》）； 红框框出来的BU.1通过抗原漂移获得了S:Y144del、S:K444M和S:N460K三个刺突蛋白增益突变，初步具有了赌王争霸的潜力。
——下面终于轮到BA.2大家族登场：
——印度特产BA.2.10一家6口（外加两个走错门的）：
BA.2.10的特征定义突变是ORF1b:S959P，这货是Omicron诞生初期的老字辈了，早在今年1月份就在印度冒头； 从6月份开始，BA.2.10旗下不断有通过持续感染跃迁突变机制养出来的第二代阴间变异株冒头，包括BA.2.10.4和BJ.1（即BA.2.10.1.1）； 顺便一提，BA.2.83也很阴间，并且也有一丢丢毒王潜质，可是Cornelius小哥把它放错位置了（可能是由于这货跟BA.2.10.4的趋同演化太厉害了）； 最后，XBB也不应该属于BA.2.10分支，或者说所有的重组株都没法简单地用系统发生树定位（关于XBB的更多信息请见：[抢个跑] 次世代毒王争霸赛已经揭开序幕（BQ.1.1、BA.2.3.20和XBB））
——东南亚特产BA.2.3一家22口：
BA.2.3的特征定义突变是ORF1a:A2909V以及ORF3a:L140F，这货也是老字辈BA.2子分支了，曾经席卷整个东南亚，并且顺手制霸韩国。当初北京等地多起物传人事件背后的毒株就是这货； BA.2.3旗下一共冒出来三组持续感染跃迁突变产物，分别是BA.2.3.20、BP.1和BS.1，分别诞生于菲律宾、印尼（疑似）和越南。
——最后一张图，把BA.2分支的残存势力给一网打尽：
由于Pango委员会某条拧巴的命名规则，上面这一大堆代表BA.2家族最后辉煌的66个子分支，全都被安排在了一块儿……包括但不限于：BA.2.12系列、BA.2.38系列、BA.2.76系列，以及瞩目度最高的BA.2.75系列； 在BA.2.75.2占据毒株增速排行榜首一个多月之后，现在BA.2.75子分支又有了新的代表选手，即CA.1（BA.2.75.2加上额外的S:L452R），以及BM.1.1.1（BA.2.75.3加上额外的S:R346T、S:F486S和S:F490S）。
以上就是截止2022年9月22日，Omicron大家族（除了BA.1和BA.3之外的）总共298个子分支的全家福。
Cornelius小哥这棵树的传送门：https://nextstrain.org/staging/nextclade/sars-cov-2/21L
最后，感谢广大宿主的肉身供奉，让咱们这些搞变异株追踪的混子，最近生意好得不得了，连刷知乎逛微博写公众号的时间都不大够用了
总之，本文暂定每个月更新一次，看看等到下次更新的时候，Omicron族谱会通胀到什么程度吧。
哦对了，再顺手贩卖一点焦虑。Cornelius小哥搞的这个玩意儿，刚好可以用来说明当前各种变异株发生趋同演化的频率和程度。
（关于趋同演化的情况，请参考：《原罪（第七集）》）
——总之，请品鉴：
深蓝色=S:F486位点突变，一共发生了6次（其中5次突变成为F486S）； 红色=S:R346位点突变，一共发生了10次（其中8次突变成为R346T）； 黄色=S:L452突变，一共发生了3次（两次突变成为L452R，一次L452Q）； 绿色=S:F490突变，也发生了3次（全部突变成为F490S）。
至于这种疯狂的趋同突变现象背后的机制是啥？
其实之前已经简单提到过了——抗原原罪。正好过几天还有一篇相关文章出炉，到时候再加大力度贩卖焦虑呗~
以上，散会啦！
本人知识星球暂时下线~
预计9月24日恢复。
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