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ggtree无根树及注释

2017-09-25 Y叔 biobabble

最初github上用户(@JustGitting)报告说geom_hilightgeom_cladelabel不能用于unrooted树。详见:https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118

我表示这确实是不行的,然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好,我只实现了equal angle algorithm,在写注释图层之前,如果我有时间的话,我希望可以先实现更好的layout algorithm。

然后JustGitting表示,他发现python的ETE和R的ape,在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm,有没有什么参考文献,或许他可以帮忙实现,因为他觉得ggtree是最成熟的软件。

对于这种表示可以帮忙的用户,我最喜欢了,必须提供帮助,于是我让他去看《Inferring Phylogenies》第34章,然后他表示要实现这本书第582页的equal daylight算法。过了一个月,他华丽丽地实现了equal daylight算法:https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/124。


有了这个PR之后,我继续给他指方向啊,要做个unrooted版的geom_hilight,可以用X-spline,而且可以参考ggalt::geom_encircle。然后时隔5个月,他又实现了geom_hilight_encirclegeom_cladelabel2,这两个用于无根树注释的图层,相当给力:https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/152.

上面这个简单的例子,用的就是daylight layout,这个算法的空间利用率比较高,而我们平时看到的unrooted tree是下面这样子的,点分不开,而图中空白区域又多。

而现在有了geom_hilight_encircle之后,要画下面这样的树,已经毫无压力:

这是一次非常成功的经历,JustGitting不知道unrooted tree layout有什么算法,也不知道要有什么方法可以画不规则的封闭的线/圈,我告诉他去看那本书,看某个算法,然后他死磕了一番(总共半年时间,甚至于去看Phylip的源代码drawtree.c),华丽丽地实现了他想要的功能。我体验了一把当指导者的身份,然后ggtree还增加了我没时间去实现的功能,感觉萌萌哒!

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