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用图片注释进化树
好玩的ggimage：ggplot2中愉快地使用图片，让你玩转emoji、pokemon和各种图片，可以轻松画出饼图版气泡图，用Pokémon神兽拼出我的名字和我的姓氏，让做图不正经起来万里挑一，像圣诞节加帽子，简直太容易不过。
做学术能够拿来娱乐和不正经的东西实在不多，而做图是为数不多的一个，正经的图大多有现成的工具可以做，而且千篇一律，特别没意思。只有不正经的图，才有一点创作的空间，也是极好的训练，不正经久了，正经起来连自己都要爱上自己。
ggimage的应用非常广阔，而且也极具有娱乐性，我做这个包，是源自于ggtree里用图片注释进化树，我希望切分出来，一方面给ggtree瘦身，让安装依赖关系简单点，容易安装些。之前就因为在linux上要编译处理图片的包，有些人安装不上，以后不会有这个问题了。第二是我要追求大一统的图形语法，觉得之前的实现不优美。第三它应该拥有更广阔的应用空间，而不仅限于ggtree。
现在ggtree + ggimage的实现方式，我简直要被自己感动哭，它被整合于geom_tiplab和geom_nodelab中，现在geom_tiplab可以打文本、可以解析emoji、可以加图片，大一统的语法，且不需要引入新函数/图层。
Annotate tips
library(ggimage)
library(ggtree)
url <- paste0("https://raw.githubusercontent.com/TreeViz/",
"metastyle/master/design/viz_targets_exercise/")
x <- read.tree(paste0(url, "tree_boots.nwk"))
info <- read.csv(paste0(url, "tip_data.csv"))
p <- ggtree(x) %<+% info + xlim(NA, 6)
p + geom_tiplab(aes(image= imageURL), geom="image", offset=2, align=T, size=.16, hjust=0) +
geom_tiplab(geom="label", offset=1, hjust=.5)Annotate internal nodes
## example from https://rgriff23.github.io/2017/05/11/primate-phylogeny-ggtree.html
library(ape)
tree <- read.nexus("https://raw.githubusercontent.com/rgriff23/Dissertation/master/Chapter_2/data/tree.nex")
phylopic_info <- data.frame(node = c(124, 113, 110, 96, 89, 70),
phylopic = c("7fb9bea8-e758-4986-afb2-95a2c3bf983d",
"bac25f49-97a4-4aec-beb6-f542158ebd23",
"f598fb39-facf-43ea-a576-1861304b2fe4",
"aceb287d-84cf-46f1-868c-4797c4ac54a8",
"0174801d-15a6-4668-bfe0-4c421fbe51e8",
"72f2f854-f3cd-4666-887c-35d5c256ab0f"),
species = c("galagoids", "lemurs", "tarsiers",
"cebids", "hominoids", "cercopithecoids"))
pg <- ggtree(tree)
pg %<+% phylopic_info + geom_nodelab(aes(image=phylopic), geom="phylopic", alpha=.5, color='steelblue')d <- data.frame(node = c("70","89","96","110","113","124"),
images = c("https://i.imgur.com/8VA9cYw.png",
"https://i.imgur.com/XYM1T2x.png",
"https://i.imgur.com/EQs5ZZe.png",
"https://i.imgur.com/2xin0UK.png",
"https://i.imgur.com/hbftayl.png",
"https://i.imgur.com/3wDHW8n.png"))
pg %<+% d + geom_nodelab(aes(image=images), geom="image")Use image as background
pg + geom_phylopic(image="79ad5f09-cf21-4c89-8e7d-0c82a00ce728", size=Inf, alpha=.5, color='firebrick')往期精彩