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听说你想画好几颗树在一起
传说中的隔壁老王
ggtree在手，天下我有
ggtree实现了多种方法让你来操作树和相关的数据，但如果你想干的是没有直接支持的呢？那也容易，因为ggtree给了你DIY的机会，对于可视化的节点在坐标轴上的位置信息，是很容易获取的，你可以用foritfy方法，它调用了tidytree::as_tibble把树对象转化为tidy data frame，再加入用于画图的坐标轴信息，另外你也可以用ggtree(tree)$data来获取相同的数据，有了这数据，就可以随便玩了。
下面是一个示例，画两颗树面对面，如同cophyloplot一般。
library(dplyr)
library(ggtree)
x <- rtree(30)
y <- rtree(30)
p1 <- ggtree(x)
p2 <- ggtree(y)
d1 <- p1$data
d2 <- p2$data
## reverse x-axis and
## set offset to make the tree in the right hand side of the first tree
d2$x <- max(d2$x) - d2$x + max(d1$x) + 1
pp <- p1 + geom_tiplab() + geom_tree(data=d2) + geom_tiplab(data = d2, hjust=1)
dd <- bind_rows(d1, d2) %>%
filter(!is.na(label))
pp + geom_line(aes(x, y, group=label), data=dd, color='grey')
如果你想画好几颗树呢，比如把流感8段基因分别做树，画在一起，把相同的病毒株用线条连接起来，像问题中的图那样，这也是挺容易做到的。
z <- rtree(30)
d2 <- fortify(y)
d3 <- fortify(z)
d2$x <- d2$x + max(d1$x) + 1
d3$x <- d3$x + max(d2$x) + 1
pp <- p1 + geom_tree(data = d2) + geom_tree(data = d3)
dd = bind_rows(d1, d2, d3) %>%
filter(!is.na(label))
pp + geom_line(aes(x, y, group=label, color=node < 15), data=dd, alpha=.3)
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