不比不知道，我再也不敢用DAVID了
《你昨天才做的分析，可能是几年前的结果！》之前这篇文章，大家应该还记得，这就是富集分析软件的现状，虽然软件很多，但问题同样也很多。
首当其冲的是DAVID，你看它文章的引用数（红色线），2015年直逼6000, 而知识的完整度（蓝色线），一路下降，到2015年只有20%而已。这篇Nature Methods文章的强力吐槽，也促使了DAVID做了一次更新。
你的结论只能反映学界五年前的生物学知识积累。在最近一次更新之前，之前写的《SCIENCE文章用了DAVID被吐槽》大家可能没印象了，我建议你打开看看。
故事大概是文章一发表Pubpeer上马上有人吐槽，然后作者也去承认，确实是有问题。
然后就有人来找我出来遛一遛。
不遛不知道，一遛吓一跳，这个大家看看《SCIENCE文章用了DAVID被吐槽》这篇就行了。
今天不是来炒冷饭的，而是真的有新的发现。在《文章发表：clusterProfiler 4.0 -- The Innovation》一文中，我们也谈到了这个数据完整性的问题，审稿人提出来，DAVID后面又更新了一次，是不是再出来遛一下？于是我就再次看看。拿clusterProfiler和DAVID当前最新版（其实也是5年前的版本），再比较一下。
我当前有个比较结果，五年前有个比较结果，如果放在一起看呢？是不是比较有意思？遛呗，结果如下：
结论1：clusterProfiler的结果稍有出入，但变动不大。这是符合期望的，DAVID的结果都被clusterProfiler囊括了，这也是符合期望的，总之就是正如我们期望的，clusterProfiler靠谱！
结论2：DAVID两个版本的结果，竟然几乎完全没有重叠，这太让人震精惊了，震惊到我都打错字了。
也就是说SCIENCE那篇文章，在分析的时间点上，如果DAVID是有及时更新的话，那SCIENCE那篇文章上的结论是第二列的结果，然而由于DAVID没更新，文章用的是第一列的结果。这尼马结论相差也太大了吧。
再者同一份数据，DAVID两次不同的更新，竟然给出完全没有交集的分析结果，完全超越了我们的想象。好了，现在DAVID又超过5年没更新了，假如有更新的话，是不是又要给出不一样的结果呢？画面太美，我不敢想。
你可能认为软件多的是，大不了不用DAVID，然而可不单单DAVID有问题哦，不信你再看看下面两篇文章：
最后的最后，来自Y叔叔的叮嘱：
要想富集分析靠谱，快用clusterProfiler！ 要想富集分析应用于不同的物种，包括各种非模式生物，快用clusterProfiler！ 要想富集分析应用于不同的知识库，快用clusterProfiler！ 要想富集分析结果可以比较，快用clusterProfiler！ 要想富集分析出图漂亮，快用clusterProfiler!