生信童鞋注意了,这21款常用在线工具一定不要错过啦
生信童鞋在日常的实验中一定会遇到很多问题,这个时候如果能有一款在线工具能帮助你那就太好了,今天答答给大家带来了21款常用在线工具,相信能解决童鞋们在实验中遇到的大部分问题。
先给大家介绍下在线工具都有哪些功能:
启动子预测;ORF预测;多序列比对;多序列比对相似性展示;绘制Venn图;绘制GO注释结果图 ;绘制圈图;circRNA分析;可视化通路图在线分析;基因的代谢通路注释;基因组可视化;序列结构示意图绘制;在线分析RNA-seq ;基因外显子内含子,UTR,注释……
01
Promoter Scan
功能:启动子预测
网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
02
ORF Finder
功能:ORF预测
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
03
NCBI-BLAST
功能:序列比对
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
04
MUSCLE
功能:运行速度比较快的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
05
Clustal Omega
功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
06
ClustalW2
功能:应用较广泛的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
07
T-Coffee
功能:准确度高,速度慢的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/
08
SimiTriX-SimiTetra
功能:多序列比对相似性展示
网址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
09
Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://www.biovenn.nl/index.php
10
Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl
11
Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
12
WEGO
功能:绘制GO注释结果图
网址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
13
CIRCOS
功能:绘制圈图
网址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
14
CIRCexplorer
功能:进行circRNA分析
网址:http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/
15
iPath
功能:进行可视化通路图在线分析
网址:http://pathways.embl.de/
16
KEGG
功能:进行基因的代谢通路注释
网址:http://www.kegg.jp/blastkoala/
17
UCSC
功能:进行基因组可视化
网址:http://genome.ucsc.edu/index.html
18
IBS
功能:进行序列结构示意图绘制
网址:http://ibs.biocuckoo.org/online.php
19
RAP
功能:在线分析RNA-seq
网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/
20
AUGUSTUS
功能:基因外显子内含子,UTR,注释
网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create
21
GSDS
功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示
网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
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