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一起来学单细胞吗?

豆豆花花 生信星球 2022-06-07


最初接触单细胞纯属好奇,那时的我主要任务是无参转录组,自己思考🤔如何构建分析流程。
闲来无事,就会看看有什么新鲜的方法,碰巧看上了单细胞分析
当然,目前也没有接触实际的课题,只是不断做了知识储备而已

观看了隔壁技能树Jimmy录制的视频
建议从基础看起,边听边思考边记录

http://163.lu/lPs3y1

1 豆豆在小星球的那些学习记录

最早应该是18年7月,首次接触到这个名词,后来零零散散地学了一些。但毕竟压力即是生产力,当时没有这方面的需求,只是感兴趣,作为一个业余读物。

2018年的知识

豆豆文献阅读第三天

豆豆文献阅读第四天

单个细胞的测序?

单细胞测序之原始数据处理

继续接受你的挑战~Single cell

2019年的知识

有一些放在了简书,没有发布公众号

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)

系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(四)

知根知底才能有的放矢

单细胞转录组数据校正批次效应实战(上)

单细胞转录组数据校正批次效应实战(中)

单细胞Seurat包升级之2,700 PBMCs分析(上)

跟着官网学习单细胞Monocle V3包(上)

跟着官网学习单细胞Monocle V3包(下)

scRNA表达矩阵的基因层面检查

关于细胞周期推断的知识更新

如何对低质量细胞进行质控检验

对细胞文库差异进行normalization

降维后进行细胞聚类分群

细胞聚类分群后检测marker基因

降维后进行可视化

Do You Miss Me?

花花你真可爱

送你个对象

自己动手,丰衣足食~改造inferCNV的热图

2 刘小泽在单细胞天地的那些学习记录

第一期——单细胞基础视频

(一)听说课程配笔记,学习无压力

(二)单细胞转录组学习笔记-2

(三)单细胞转录组上游分析之shell回顾

(四)获取Github代码包以及准备工作

(五)常说的表达矩阵,那得到之后呢?

(六)由表达矩阵看内部异质性

(七)重复平均表达量和变异系数相关性散点图

(八)聚类算法之PCA与tSNE

(九)统计细胞检测的基因数量

(十)乳腺癌领域之PAM50分类

(十一)生物学背景知识之细胞周期推断

(十二)RPKM概念及计算方法

(十三)差异分析及KEGG注释简介

(十四)学习scRNAseq这个R包

(十五)利用scRNAseq包学习scater

(十六)用Scater包分析文章数据

(十七)用Seurat包分析文章数据(二)

(十八)scRNA包学习Monocle2

(十九)使用monocle2分析文章数据

(二十)使用作者代码重复结果

(二十一)基因在任意癌症表达量相关性

(二十二)评估任意基因集在癌症的表现

(二十三)多个基因集相关性热图

第二期——单细胞进阶视频

免疫治疗

10X scRNA免疫治疗学习笔记1-前言

10X scRNA免疫治疗学习笔记-2-配置Seurat的R语言环境

10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-Seurat标准流程

10X scRNA免疫治疗学习笔记-4-细胞亚群的生物学命名

10X scRNA免疫治疗学习笔记-5-差异分析及可视化

10X scRNA免疫治疗学习笔记-6-marker基因的表达量可视化

10X scRNA免疫治疗学习笔记-7-条条道路通罗马—单细胞分群分析

发育

scRNA小鼠发育Smartseq2流程—前言及上游介绍

根据表达矩阵进行分群-1

根据表达矩阵进行分群-2

标记基因可视化

差异分析及功能注释(上)

差异分析及功能注释(下)


初学生信,很荣幸带你迈出第一步

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