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[变异毒株]大的……大的要来了

拍老师 拍照稀烂的焦虑怪 2021-11-25

大伙儿想必知道,
Delta一家独大之后,
市面上时不时就会冒出来一种论调,

——比如说,请品鉴:

↑ “Delta是不是最后的强力变异毒株?”

呵呵,《卫报》11月21日提出这个煞笔问题,
结果转天就被打脸了。
因为……

大的终于来了。

太长不看版的总结:
  • 新毒株B.1.1.529新鲜出炉;

  • 大佬出面开后门,24小时以内走完本来需要10天左右的命名流程;

  • 突变位点异常恐怖,有可能完全逃逸市面上所有单抗;

  • 和当初纽约下水道的神秘毒株片段有微妙的相似度;

  • 可能和最近南非豪登省疫情反弹有关系;

  • 已经现身国内(香港)




——请各位首先品鉴一则看似无关的新闻:

↑ 简单来说,
  • 2021年10月22日,香港某36岁男性接受PCR检测呈阴性;

  • 2021年10月23日,该男性乘机前往南非;

  • 2021年11月11日,该男性乘坐卡航QR818航班(经多哈中转)返回香港,抵达机场时PCR检测呈阴性;

  • 2021年11月12日,该男性在酒店隔离期间再次接受PCR检测呈阳性(此时该病例无症状);

  • 2021年11月15日,香港卫生署公布该男子感染的是“N501Y变异株”。




这里咱需要岔开话题,略微吐槽一下香港卫生署。
他们长期用刺突蛋白特征突变来指代整个毒株,
以至于一不留意就会看走眼……
比如这次这个“N501Y变异株”吧,
惯性思维之下,正常人都会以为是Alpha或者Beta,
毕竟Alpha和Beta都有刺突蛋白N501Y,也都在南非时隐时现~
去趟南非感染上过气的Alpha/Beta也勉强算是正常情况。

但出人意料的是,
2021年11月22日,香港卫生署上传了这个所谓“N501Y变异株”的测序记录;

——请品鉴啊:


K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K

这尼玛都突变得亲妈不认识了,
你香港卫生署轻描淡写一句“N501Y变异株”就打算蒙混过关了???



哦对了,咱插播一下,
之前简单介绍过的变异株突变位点品鉴指南(请见这里
用人话来说,突变的写法是前后两个大写字母,然后中间夹一串数字——比如说“N501Y”这样~
这些数字代表刺突蛋白上的氨基酸位点;
数字前面的字母代表标杆毒株的氨基酸类型(这里的标杆毒株是武汉株);
数字后面的字母则代表突变之后的氨基酸类型。
举个例子,“N501Y”这个突变,指的就是刺突蛋白第501个位点的N(天冬酰胺)突变成了Y(酪氨酸)



插播完毕,咱继续回头八卦。
香港卫生署的测序记录上传到GISAID之后,
相似的记录就跟约好了一样,
纷纷从博茨瓦纳和南非冒头~

——请品鉴:

↑ 南非7例,博茨瓦纳4例。

——所以这个变异株的完整突变位点列表长这样:

↑ 茫茫多的一片,数都数不过来……

简单统计下刺突蛋白部分得了:
A67V+69/70del+T95I+142/144del+Y145D+211del+L212I+G339D+S371L+S373P+S375F+K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K+D614G+H655Y+N679K+P681H+N764K+D796Y+N856K+Q954H+N969K+L981F



话说,这个公众号的老读者可能听说过,
我们这边有Pango team变异株追踪团队的内线来着…
所以昨天晚上开始,由于及时收到线报,
咱几乎熬了个通宵,
一直在实时跟进这个全新毒株的发现和命名全过程。
如下:



2021年11月23日晚上10点,ICL的病毒学家Tom Peacock老师率先揪出这几个可疑毒株;

Peacock老师表示:

LITERALLY THE WORST VARIANT I'VE EVER SEEN.
太简单了,不翻译了吧~


2021年11月23日晚11点,以色列卫生部中央病毒实验室的Shay Flesion老师搞出了最早几例测序记录的演化树;

——请品鉴:




2021年11月23日晚11点37分,Peacock老师提交新毒株申请;

——请品鉴:

翻译成人话:
涉及南部非洲地区的B.1.1子毒株,在刺突蛋白拥有茫茫多的阴间突变……



2021年11月24日凌晨4点,更多的相关测序记录陆续上线;

——演化树逐渐有一点形状了……请品鉴:


哦对了,这几条新的几条测序记录还初步暴露了这一全新毒株的流行情况。
简单来说,全是悲报……

——比如,Pango Team的Hitoshi老师精彩分析,请品鉴:

翻译成人话:
有一个测序记录的病例是未满1岁的小女孩(也就是说已经发生了家庭传播);

另有三个测序记录分别出现在Ekurhuleni和约翰内斯堡两地。而这两个地方相距约70公里(蔓延范围已经不小了);

约翰内斯堡国际机场正好位于Ekurhuleni(悲报……);

香港中招的那位倒霉鬼,他在酒店隔离期间无症状状态下检出PCR阳性(所以从病程进展来倒推的话,很可能是在登机前不久中的招)——而上面提到了,约堡机场正好在Ekurhuleni。

还没完,还有更大的悲报呢~

——请品鉴:

↑ 南非某例的测序原因:

疫苗接种后突破性感染……



2021年11月24日下午4点,斯坦福大学分子生物学家Georgi Marinov老师敏锐地发现了部分相似的毒株(含焦量巨高);

Marinov老师表示:
We have neutralization measurements for another RBD sequence with that many mutations, and it was completely resistant to all monoclonals.
翻译成人话:
我们曾经对另外一个RBD结构域拥有类似数量突变的测序记录进行过抗体中和测定,结果显示……市面上所有单抗全部无效。
很凑巧,Marinov老师所说的那个让市面上所有单抗全部无效化的阴间毒株,其实咱早就已经八卦过了……
请见这里:[含焦量10+]白尾鹿与老鼠,跨物种传染的焦虑
当初纽约废水的那篇预印本提到的一某神秘毒株片段,
也就是下图中的WNY4,

——差不多是这个造型:

K417T+N439K+K444N+Y449R+L452Q+N460K+S477N+484del+F486V+S494T+G496V+Q498Y+N501S+G504D+Y505H+H519Q

各位不妨跟新毒株的刺突蛋白RBD域比较比较,是不是有几分神似?
所以现在问题就来了……

WNY4是尼玛啥来历???



2021年11月24日下午5点半,到了这一步,大佬们显然坐不住了……
爱丁堡大学病毒学巨咖Andrew Rambaut老师出面督办,
安排手下马仔,剑桥大学的Christopher Ruis老师实际操作。

——请品鉴:


Ruis老师开了后门,疯狂插队,快速走完了整个新毒株确认命名流程。
这货终于有了名字:

B.1.1.529



从提交申请到最终命名,
前后花了不到24小时。
据我所知,这应该是Pango Team成立以来最大的一次插队现场……

当初凶名赫赫的B.1.617,
由英格兰卫生署官方出面提交申请,
然后也是Rambaut老师打招呼特事特办,
而且也安排了马仔协办,
最后还是花了接近3天才走完流程
(2021年3月30日提交,4月1日命名)

所以不管B.1.1.529之后发展趋势咋样,
至少登场的排面上,已经算截止目前最大号的了……


大的要来了……



新毒株命名搞定了,
但焦虑并没有停止。

——桑格研究所大佬Theo Sanderson老师等人表示:
Interesting that these make up 100% of November-collected Gauteng sequences yet have at least slightly different location data around Johannesburg and a range of sampling strategies (one vaccine breakthrough, others surveillance), on the face of it suggesting high prevalence there.
翻译成人话:
这几个测序记录就是11月份以来整个豪登省地区提交的所有测序记录,并且地点和测序目的各有不同,所以盲猜的话,这货流行率有可能挺高……

而我们知道,B.1.1.529最早现身的豪登省,
刚好前几天一反常态,开始了新一轮爆发……

——请品鉴:


???



再加一坨焦虑吧。
B.1.1.529还有一个非常罕见的刺突蛋白插入突变。

——名词解释走一个:


——总之,B.1.1.529的这个刺突蛋白插入突变长这样:

刺突蛋白NTD域第214残基位置的EPE插入。

刚好,最早发现B.1.1.529的Peacock老师就是新冠病毒插入突变的专家。
咱之前刚好还八卦过,
请见这里:[变异毒株]传说中神秘的弗林蛋白酶切割位点,说不定是这样出现的…

——根据Peacock老师的说法:

↑ 翻译成人话就是,这个插入突变吧,
插入的多半是宿主身上抢过去的mRNA片段
(具体来说就是跨膜蛋白245基因)……



最后来一坨大号焦虑吧,
出自上面提到过的Marinov老师~
(这逼拾我牙慧……)

Marinov老师表示:
We get a zoo of serotypes and strains that circulate all at the same time.

Which is the worst-case scenario.
翻译成人话:
一大堆不同血清表型的毒株将会同时流行。
这就是最坏的局面。
关于血清分型的焦虑,请看这里:
[含焦量10.0]新冠病毒:“一不小心跑太远,干脆另立个山头得了……”







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