[变异毒株]2022年1月31日，Omicron最新情况汇总

❶ 前言

42%肺炎病征的这个数字，

狠狠地扎在了躺平党们的心窝子里，

于是他们纷纷开始发挥无穷的想象力，

为天津这个触目惊心的数据寻找（不）合理化解释~

——比如说这样的：

听起来挺有道理啊老铁，

咱差点就信进去了……

直到咱习惯性地打开了搜索引擎~

——实际情况，请品鉴：

截止1月18日，天津一共检出31位10岁以下确诊病例，

相对之前是要多一丢丢，

但是占比也就13%而已……

用13%的儿童病例去强行解释42%的肺炎病征，

怕是还差了点意思吧？

——再比如这样的：

妈耶这玩意儿就更离谱了~

这位朋友的意思，

想必是说：

天津检测拉胯！无症状的都漏掉了！

检出来的都是症状明显的！

所以怪不得肺炎比例畸高！

可是啊可是~

Omicron这玩意儿的传播速度，

大伙儿想必早就见识过了，

当初南非/英国/丹麦/印度/日本/菲律宾/美帝/巴西那些一飞冲天的曲线，

各位应该还有印象吧？

所以一旦漏检的话，

那么漏网之鱼必然会在短时间内野火燎原，

发展到任何人都无法忽视的地步~

可现如今天津及周边肉眼可见地岁月静好，

这又咋解释捏……

——最夸张的是……还有这样的：

这位朋友认为……

因为“国外的数据显示Omicron无症状感染比例高达80%-90%”，

又因为“当年钻石公主号上面感染原始株的无症状比例高达55%”……

所以天津一定漏检了

首先这位朋友提到的“80%-90%无症状比例”，

这数字看着挺眼熟啊……

然后咱瞅了一眼他给出的reference，

妈耶……不就是前两天咱狠狠打过脸的那个翻车文章吗

请看：[后台点播]所以《柳叶刀》这个奇葩预测…到底是啥子鬼？

其实吧，各位如果是咱公众号老朋友的话，

这时候应该已经反应过来了……

从初期的病例报告来看，

Omicron感染后出现症状的比例并不低，

不仅不低，反而高得离谱~

但无症状感染这玩意儿吧，

跟新冠疫情的其他很多情况差不多，

都忠实地遵循了“不检测就不会有”的基本规律。

只要心够大，

那么咳咳嗽也可以说无症状；

流一流鼻涕也可以无症状；

头疼脑热也可以说无症状；

就算肺部发生了病变，只要不做CT，那就是无症状。

……

……

可是啊，一旦凑近了仔细观察，

症状们纷纷就冒出了头~

比如说，截至目前最详尽的两次case report，

分别是下面这样的造型~

——请品鉴：

• 共81人（73%）感染Omicron变异株；

• 完全接种率96%；
  

• 感染者中位数年龄36岁；
  

• 98%感染者已完全接种；
  

• 99%感染者出现症状；

• 74位感染者 (91%) 报告了至少三种症状。

——请再品鉴：

• 共21人感染Omicron变异株；

• 感染者中位数年龄45岁；
  

• 所有人都已接种三针BNT疫苗；

• 100%全部有症状；
  

• 平均每位感染者报告6种以上症状；

• 症状严重程度分级（1-3级）详见上表。

就这，你敢跟我说无症状比例高达80-90%？？？

而且吧，

上面第二个法罗群岛的case report里面，

刚好提到了“呼吸困难”（dyspnea）的症状~

如果我们可以粗略认为呼吸困难和肺部病变有一丢丢相关性的话呢，

那么他们这个呼吸困难的发病率（38%），

刚好可以跟天津这边42%的肺炎病征比例遥相呼应~

说到42%的肺炎病征~

各位估计又会好奇……

为啥天津这边带头观察到高达四成的肺炎比例，

而Omicron肆虐全球都两个多月了，

全球其他地方却没有察觉到呢？

答案其实很简单……

各位不妨回忆一下，

当初Delta流行期那阵，

或者说更早一点吧，

Alpha流行期那阵，

各位有没有留意到什么人群层面的肺炎发病率数据？

没有吧？

呵呵，没有就对了~

（当然了，咱得严谨一点，小规模临床研究的数据还是有的）

肺炎病征是需要做CT才能确认的……

而做CT的前提条件之一，

就是得住院~

然而在已经躺平的世界里，

轻中症病例都得自己憋家里自愈呢~

甚至憋了5天就得返工呢~

谁会有闲心给mild case们挨个挨个做CT？

所以又回到了上面提到的那条基本规律——

“不检测就不会有”，

为啥到了肺炎这个问题上，

很多人就想不通了呢……

关于肺炎病征发生风险的问题，

咱特意咨询了意大利伦巴第某health system的大佬~

毕竟伦巴第也算是被轮过好多轮的地区了，

经验一定超级丰富的~

结果……看看大佬的原话呗~

——请品鉴：

翻译成人话：

所以情况就是这么个情况，

真实世界肺炎病征发生风险这个数据，

就跟之前提到过的其他很多数据一样，

（比如说代际间隔、序列间隔、基本再生数等等），

咱们可能都没法当伸手党等别人发布，

而只能自己去试试水……

所以这个世界就是这么魔幻现实主义，

各位适应适应就习惯啦~

/摊手

❸ Omicron/Delta重组序列已经实锤

关于Omicron和Delta的重组，

之前已经不止一次有人抢跑了~

咱这边还专门批判过…

请看：[定心丸]塞浦路斯的“双毒合一”是个啥子鬼？

不过呢，

虽然上次塞浦路斯那玩意儿只是一次低级的翻车事故，

但咱一直认为，

Omicron/Delta发生重组只是迟早的事，

——请品鉴：

所以咱这该死的乌鸦嘴又不幸灵验了一把

短短两周之后，

实锤终于出现了。

具体来说，是AY.4+BA.1，

暂时在公开数据库发现了5个，都在英国。

COG-UK数据库上还有4个暂时没公开~

——GISAID公开数据库的那5个见这里：

欢迎各位领域内的朋友去复查~

——突变列表见下：

简单来说，

这个重组缝合怪的ORF1ab基因，

其绝大部分（红框部分）都是AY.4的底子，

再往下走则变成了BA.1的底子。

目测breaking point可能在NSP14蛋白的42位点到394位点之间，

（所谓breaking point，可以粗略地理解为AY.4和BA.1发生缝合的那个地方）

然后这玩意儿的4个特征突变（C4891T、C5310T、G12685T和C16887T）,

都是英国本土AY.4的限量款；

至于BA.1部分，则带了一个额外的刺突蛋白A701V突变~

但这也不奇怪，A701V基本上算是BA.1出世以来获得的第二个额外优势突变了~（频率仅次于刺突蛋白R346K）

——另外，上述5个序列分别出自三家不同的试验室：

所以乌龙的机会应该很渺茫了……

除非三家实验室同时发生污染事故……

而且必须三家都刚好污染到同一个breaking point……
然后那儿还不是已知的扩增子拉胯区域……
最后刚好那儿又是已知的重组热点区域……

——最后，演化树如下：

↑ 黑色小圆点都是路人背景板，

红色小圆点则是咱们揪出来的重组序列，

可以明显看出，

红色的都在一根演化树分支上~

妥妥的monophyletic没跑了~

另外走一条UKHSA的内线消息呗：

以上5个序列的其中三个来自同一地区，

但不是同一家庭。

UKHSA正在调查这三份序列有没有流行病学关联。

——请品鉴：

（是的各位你们没看错，这5个重组序列里边其中一个，正是Shay老师带着区区在下发现的）

BTW，

所以某些认为咱这边“实际信息来源都是论文和推特等公开渠道”的朋友呢？

要不要去论文里和推特上找一找，

有没有这条独家消息？

呵呵~

❹ 喜闻乐见的论文搬运环节

时间紧任务重，

咱开门见山了吧~

——请品鉴：

标题：

（所谓突破性感染就是打完疫苗之后发生的感染）

——简单来说，结果如下~

简单来说，在发生Delta突破性感染之后，

（也就是接种两针之后再感染一次Delta）

抗体滴度是接种三针的3.1倍；

而在发生Omicron突破性感染之后，

（也就是接种两针之后再感染一次Omicron），

抗体滴度则是接种三针的0.32倍……

一个讽刺的事实就在于……

正如论文作者所说，

中和抗体滴度是跟感染后的症状严重程度相关的~

或者翻译成人话，就相当于：

躺平党们，看好啦~

要是你们打算靠重复感染来换取群体免疫呢，

可能就需要做好思想准备~

如果症状太轻的话，可能中和抗体滴度会掺水……

而如果想要中和抗体滴度够高的话呢……

那就只能祝你们身体健康了

当然了，以上这个0.32倍的数字，

是拿VLP（病毒样颗粒）做的测定，

然后又是针对原始株的中和免疫保护。

至于VLP和活病毒的抗体中和测定曲线的相关程度，

以及针对Delta或者Omicron的免疫保护，

可以自行参考下图……

——请看：

↑ 上图红框框出来的，分别是发生Delta和Omicron突破感染后的康复者血清，分别针对原始株、Delta和Omicron活病毒的抗体中和测定结果。

其中实线代表免疫功能正常的病例、虚线则代表免疫缺陷病例；

蓝色代表无症状或轻症病例、红色则代表中症或重症病例。

把上图翻译成人话就是：

• 接种两针之后再感染一次Delta，康复者血清对原始株和Delta有同等中和免疫保护；

• 接种两针之后再感染一次Delta，康复者血清对Omicron的中和抗体滴度（相对原始株）跳水46.8倍；

• 接种两针之后再感染一次Omicron，康复者血清对Delta的中和抗体滴度（相对原始株）跳水2.2倍；

• 接种两针之后再感染一次Omicron，康复者血清对Omicron的中和抗体滴度（相对原始株）跳水6.8倍。

或者翻译成更直白的人话就是：

• 感染Omicron不会带给各位啥交叉免疫保护；

• 打完疫苗再感染Omicron，也不会给疫苗带来太强的boosting效果

再或者，翻译成最直白的人话就是：

• 感染了约等于白感染，

• 客官欢迎再来

当然了，今天的主题是怼一怼“实际信息来源都是论文和推特等公开渠道”的无脑黑，

所以继续抢跑一点公开渠道看不到的内幕呗~

UKHSA某内线（抢跑啊，不保熟）：

翻译成人话（再说一遍，抢跑，不保熟）：

❺ BA.2、BA.2、BA.2

BA.2的流行率，

想必各位已经有心理准备了~

下面随便走几张图呗~

——南非，请品鉴：

↑ 绿色曲线等于BA.1，紫色曲线等于BA.2~

惊不惊喜意不意外？

——与此同时：

↑ 南非下降趋势已刹车……

——或者这么看可能更清楚：

↑ 南非9个省里面，

以普马兰加为首的内陆5省Rt已然暗搓搓地越过生死线……

——接下来，英国，请再品鉴：

↑ 所以，英国的BA.2占比也在指数上涨，

预估在2月上中旬一桶浆糊，

但是就目前而言，

绝对比例还是只有5%以下而已，

那么英国有没有逃脱长江后浪推前浪的宿命呢？

很可惜，并没有……

——请品鉴：

↑ 以上Sanger研究所的数据，

上边是英国新增确诊人数估算，

下边则是各变异株流行率。

其中绿色部分是BA.1，紫色部分是BA.1.1，浅蓝色部分则是BA.2~

顺便解释一句，

BA.1.1就是额外多了个刺突蛋白R346K突变的BA.1。

所以BA.2没能推前浪，

自然有其他玩意儿跳出来推前浪…

一波接一波的宿命仍然在继续 

顺便一提啊，是的各位没看错，

英国的确诊人数已经沦落到需要靠估算的地步了……

总之，根据Sanger的估算，

英国下降趋势刹车了……

并且吧，Sanger显然不是唯一一家搞估算的机构，

ZOE根据用户自行上报数据做出的估算更玄乎~

——请看：

惊不惊喜意不意外？

不过，

估算数字再离谱，

也不如官方数字含焦量高……

——UKSHA官方数字请品鉴（Colin Davis老师魔改版）：

害，历史又重演了……

——以及，丹麦，请接着品鉴：

↑ 丹麦的情况，

用常见的变异株流行率曲线可能不大解释得清楚~

所以咱换成每十万确诊病例变异株测序数量的曲线呗……

BA.2（橙色）一桶浆糊，这一点大伙儿早就知道了；

可是啊，BA.1（绿色）还在涨涨涨，这个你们敢信？

最糟心的可能是Other=Delta（紫色）……

从12月底开始就我行我素，

这是嘛意思？

延伸阅读请见：[含焦量10.0]扶上马，送一程，病毒也要搞共存

——于是……请欣赏：

丹麦：各位回头见，咱先走一步啦~

——元芳！拿放大镜来：

↑ 以上是丹麦的七日新增确诊人数变化趋势图，

其中橙色曲线=七日变化趋势（百分比），

黄色横虚线=确诊人数不增不减的稳态，

蓝色柱状图=实际确诊人数~

请注意，BA.1的增长趋势曾经短暂跌破0%；

然而BA.2迅速无缝接棒……

/摊手~

这就是为啥，

其他几家可能会回头见了……

既然提到了丹麦，

那么咱就用一篇新鲜出炉的丹麦预印本来结束今天的超长篇更新呗~

——请品鉴：

标题：

（之前说好的定心丸，咱初一凌晨发出来，算是变相的双更吧）