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在线版shiny pheatmap！
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly=TRUE))install.packages(“BiocManager”)# 安装ComplexHeatmapBiocManager::install("ComplexHeatmap")# 安装pheatmapinstall.packages("pheatmap")| sample1 | sample2 | sample3 | sample4 | |
| gene1 | expression | expression | expression | expression |
| gene2 | expression | expression | expression | expression |
每次在R里画热图都得调代码上传数据，修改颜色也会麻烦一点，可以用shiny写个在线版的方便快速绘图，具体的参数可以参考pheatmap包的参考文档。
?pheatmap()在线版pheatmap界面如下
这是登陆界面，账号和密码在我上一期中：用shiny在线创作火山图绘制App
接下来是登陆之后的界面
最上面有plot 和manual 选项，前者是画图，后者是使用说明，使用前最好先读一读参考手册
分别是：
热图
上传数据
样本分组注释文件例子及上传数据
基因注释文件例子及上传数据
改颜色：
最后看看我们可以绘制出这样的热图：
看着效果还不错吧
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这个在线版的参数设置包含了pheatmap大部分的参数，画热图基本已经足够，具体使用方法跟着manual做就行了。
这个shiny程序的网址在 https://junjunlab.shinyapps.io/heatmap11/。
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