参数达到目的。新功能:支持对分面图形添加注释。支持的函数:annoPoint2annoSegmentannoRectannoTriangleNote:如果你使用

来处理注释文件。参考文档地址:https://cran.r-project.org/web/packages/Rgff/vignettes/Using_Rgff.html主要功能:Verify

来实战一下。原文图:2构建数据library(jjAnno)library(reshape2)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#

优雅。局限:尤其是当你给具有不同数量的不同组别添加注释时只能自己一个个去指定对应的坐标。还是非常的不方便的。改进:这里于是进行了改进,提供了一种类似于

雨下一整晚1引言在不同分面添加不同文字确实是有需求的,这里整理了一下

山里山外1引言有时候我们可能想在不同不同的分面添加不同的内容,比如文字,图形等等,今天分享一下如何在不同分面添加对应的图形进去。参考链接:一个兄弟的在线笔记,我们来学习一下:https://clarewest.github.io/blog-posts/ggplotInset.html2绘图整理数据:library(ggplot2)

人从众𠈌1引言冰冻三尺,非一日之寒,见的图多了,于是渐渐发现自己的绘图会遇到一些瓶颈。下次再遇见则艰难的踌躇不前。绘图的时候,大部分我们都是在图里进行各种操作的,但是在图外(坐标轴外)画图好像不是一件容易的事,当然是有解决方案的,比如

ncol=10))绘制本地图片:download.file("http://cran.r-project.org/Rlogo.jpg",

岁月静好是片刻,一地鸡毛是日常1引言看看我们如何添加一些注释来给我们的富集图形进行美化。2读取数据简单的富集结果:library

语句条件需要括号包围,而执行内容则需要花括号包围:if()

地址:https://github.com/ShixiangWang/polar2安装install.packages("ggpolar")#

install.packages("devtools")devtools::install_github("junjunlab/transPlotR")github

包,用来添加箭头,达到不一样的效果。github

推出这段时间里,陆陆续续收到了用户和粉丝们的一些

代码,我们提取数据自己来一步步画图,比如做一些图形的延伸或者个性化绘图。在这里感谢

地址:https://github.com/junjunlab/GseaVis#

富集分析及相应的可视化,有时候需要个性化绘图时却无能为力,

包中关于富集结果的可视化函数。2加载测试数据library(DOSE)library(enrichplot)library(clusterProfiler)data(geneList)de

富集分析。2分析加载内置数据:library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)library(enrichplot)#

适合各种样本大小、特征大小的数据，或两者都一致。12结尾具体细节内容可去看原文。欢迎加入生信交流群。加我微信我也拉你进

show_tick=F,donut_frac=0.3,donut_label_size=3)cowplot::plot_grid(p1,p2)添加刻度:#

绘图。读取文件具体怎么分组看你自己:library(tackPlotR)library(ggsci)library(rtracklayer)#

图形,方便更多的个性化调整和修饰。github

基因热图重绘及均值展示。自己肯定也需要写好几十行代码才能画出来,于是我写了个函数在

想回到从前1引言不懂的人说一两句话觉得很轻松的事情,敲敲代码而已?有可能你得花费大量时间和精力去搞明白,到最后人家还不想要,相当于白浪费一两天时间,还得自己买账,生活不易,猫猫叹气。我还不如写篇推文分享给大家学习,多好。一篇

细胞类型中高表达。通过差异表达分析检测一个基因不一定满足这两个条件，而且对于大细胞数量，通常是昂贵的计算。在这里，我们提出了

才能后续操作,麻烦了一点。于是尝试写了一个简单的包,大家下载直接用会方便很多。githup

那么将会对下游的细胞聚类分析,亚群鉴定等过程产生影响,以至于不能准确的区分细胞亚群。seurat

这世界,难逃避命运1引言前面我们直接使用作者提供的计算好的数据绘图的,这次我们尝试从

天下没有不散的宴席1引言文章里好像都是一张图里绘制多个亚群的分布,那么单个亚群分别可视化是什么样子的呢?我们来尝试画出来看看怎么样。2绘图数据准备:library(dplyr)library(Seurat)library(ggplot2)library(patchwork)library(cowplot)library(ggsci)#

地址是:https://gbiomed.kuleuven.be/english/research/50000622/laboratories/54213024/scRNAseq-NSCLC2读取

绘制热图函数虽然能在大部分情况下满足我们的需要,但是经常我们会在一些细节的处理上可能就不太方便了,这时候需要提取数据自己绘图了。还有一种展示的方式就是将亚群所有细胞的

版本使用示例首先读取数据:library(Seurat)library(ggplot2)library(sctransform)#

RPCA,例如:1.一个数据集中的大部分细胞在另一个数据集中没有匹配类型。2.数据集源自同一平台（10x

scale_color_gradient2(low

等等情况,我们需要根据具体情况具体分析,比如我们的整合目的是什么,整合后是否需要去除批次效应等等问题。Seurat

GSE1545253文章方法解读上游:预处理:下游分析:关键点提取过滤基因在分位数

确定细胞类型下面就是这些每个过程的具体演示代码。参考文档地址:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html2构建

如何添加?再用上次推文的函数一个一个画那就太麻烦了,当然写个循环也不是不可以。这次重新改写函数,使其可以用于多个样本的

对象储存的数据来个性化绘图。2数据读取数据来自

函数输出绘图并不是这样的,但是自己去画似乎又有些麻烦,于是在这里我分享一些绘制左下角箭头样的坐标轴给大家。2加载

。我们可以拓展一下,用这样的图来展示每个细胞类群的

spermatocytes.2下载数据其实这篇文章的单细胞数据用的是别人文章的数据,并不是自己做的:GSE112393我们只需要下载

4)支持下面这些函数并行化:NormalizeDataScaleDataJackStrawFindMarkersFindIntegrationAnchorsFindClusters

岁了却还在追求梦想，有的人为了车贷，房贷货一辈子，有些人买一辆摩托车就走遍大好河山，你到底要成为怎样的人，你要怎么活，为谁而活。---from

CodonsOcupancyOnORF(geneInfo,cdsFa,inputFile,outputFile;cdslength=600,expression=75,exclude=90)

图:2准备最长转录本基因prepareLongestCDStranscript("Mus_musculus.GRCm38.102.gff3","longestCDSinfo.txt")3计算

"SRR12594213","SRR12594214","SRR12594215","SRR12594216","SRR12594217","SRR12594218"]outname

EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE>SRR12594201.1|TAGAGNTNC

"SRR12594213","SRR12594214","SRR12594215","SRR12594216","SRR12594217","SRR12594218"]for