Molecular Cell 文章 ribosome pausing 结果复现 (一)
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1前言
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2引言
这篇文章于 2021 年 发表在 Molecular Cell 期刊上,讲述了关于外界压力刺激会造成核糖体在翻译起始处发生暂停,从而减少蛋白的翻译。
文章标题:
Adaptive translational pausing is a hallmark of the cellular response to severe environmental stress
复现图内容:
下面是需要复现的图:
主图 2E
主图 3A
主图 3B (待定)
主图 3C
附图 S4B and S4D
附图 S8B and S8C
工作量还是挺大的。
3文章方法部分
我们先看看文章方法部分是如何分析的。
数据上游处理:
数据是比对到 转录组上面, 保留至少 15nt 长度的 reads, 选取最长 CDS 的转录本
来后续分析,使用 bowtie 进行比对。
Geo 数据方法处理描述:GSE157519
这里我只下载了 Riboseq(18 个样本) 的数据,对应的 RNA-seq 没有下载。这里作者在插入片段两端插入了UMI 序列来去重 PCR duplicate, 下载到原始 fastq 数据后,去除接头见推文:
数据下游分析:
Aggregation plot and ribosome occupancy:
Calculation of codon occupancy:
4去除接头序列
for i in SRR125942{01..18}
do
cutadapt -j 10 -f fastq \
-a CTGTAGGCACCATCAAT -O 6 -m 25 \
--discard-untrimmed \
-o 2.trim-data/${i}.trimmed.fq.gz \
1.raw-data/${i}.fastq.gz
done
5去除 umi 序列
# sample
sample = ["SRR12594201","SRR12594202","SRR12594203","SRR12594204","SRR12594205","SRR12594206",
"SRR12594207","SRR12594208","SRR12594209","SRR12594210","SRR12594211","SRR12594212",
"SRR12594213","SRR12594214","SRR12594215","SRR12594216","SRR12594217","SRR12594218"]
for i in 1:length(sample)
removeRandmerSequence(join(["2.trim-data/",sample[i],".trimmed.fq.gz"],""),
join(["2.trim-data/",sample[i],".clean.fastq"],""),
end5RandmerLength=6,cutEnd5=6,end3RandmerLength=3,cutEnd3=4)
end
6比对
这里我选择用 hisat2 软件直接 比对到基因组 上去:
for i in SRR125942{01..18}
do
hisat2 -p 8 -x 0.index-data/grcm38/genome_tran \
-k 1 --summary-file \
3.map-data/${i}.mapinfo.txt \
-U 2.trim-data/${i}.clean.fastq \
-S 3.map-data/${i}.sam
done
展示前三个比对情况:
26477212 reads; of these:
26477212 (100.00%) were unpaired; of these:
8380007 (31.65%) aligned 0 times
18097205 (68.35%) aligned exactly 1 time
0 (0.00%) aligned >1 times
68.35% overall alignment rate
25077358 reads; of these:
25077358 (100.00%) were unpaired; of these:
9187363 (36.64%) aligned 0 times
15889995 (63.36%) aligned exactly 1 time
0 (0.00%) aligned >1 times
63.36% overall alignment rate
28066567 reads; of these:
28066567 (100.00%) were unpaired; of these:
10196310 (36.33%) aligned 0 times
17870257 (63.67%) aligned exactly 1 time
0 (0.00%) aligned >1 times
63.67% overall alignment rate
可以看到比对率也算挺高的了,在 百分之六七十左右, 比对的 reads 数量也在 一两千万条左右, 质量非常的不错。
7结尾
由于作者没有提供代码,只能根据自己的想法来复现文章里的数据,只要做到 相似 就行了。
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