单细胞亚群分面可视化

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-27

收录于合集 #单细胞笔记 21个

天下没有不散的宴席

1引言

文章里好像都是一张图里绘制多个亚群的分布,那么单个亚群分别可视化是什么样子的呢?

我们来尝试画出来看看怎么样。

2绘图

数据准备:

library(dplyr)
library(Seurat)
library(ggplot2)
library(patchwork)
library(cowplot)
library(ggsci)

# load data
pbmc3k <- readRDS("./pbmc3k_final.rds")

# run tsne
pbmc3k <- RunTSNE(pbmc3k,dims = 1:10)

# plot
DimPlot(pbmc3k,reduction = 'tsne')

# add cell type
pbmc3k$celltype <- Idents(pbmc3k)

提取坐标:

# get pc data
pc <- Embeddings(pbmc3k,reduction = 'tsne') %>% data.frame()
pc$celltype <- pbmc3k$celltype

# check
head(pc,3)

# tSNE_1     tSNE_2     celltype
# AAACATACAACCAC-1 -11.701490   7.120466 Memory CD4 T
# AAACATTGAGCTAC-1 -21.981401 -21.330793            B
# AAACATTGATCAGC-1  -1.292978  23.822324 Memory CD4 T

绘图:

# plot
pmain <- ggplot(pc,aes(x = tSNE_1,y = tSNE_2,color = celltype)) +
  geom_point(size = 0.5) +
  # scale_color_npg(name = '') +
  scale_color_brewer(palette = 'Set1',name = '') +
  theme_bw(base_size = 14) +
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.position = 'none',
        plot.margin = margin(l = 10,r = 0,unit = 'pt'),
        aspect.ratio = 1)

psmall <- ggplot(pc,aes(x = tSNE_1,y = tSNE_2,color = celltype)) +
  geom_point(size = 0.5,show.legend = F) +
  # scale_color_npg(name = '') +
  scale_color_brewer(palette = 'Set1') +
  theme_bw(base_size = 14) +
  xlab('') + ylab('') +
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text = element_blank(),
        strip.text = element_text(size = 10),
        plot.margin = margin(l = 0,r = 10,unit = 'pt'),
        strip.background = element_rect(colour = NA,fill = NA),
        aspect.ratio = 1) +
  facet_wrap(~celltype,ncol = 3,strip.position = 'top')

# combine
plot_grid(plotlist = list(pmain,psmall),nrow = 1,align = 'hv')