芝麻豆的后花园

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转型:从实验到大数据

记得十年前刚去曼大那会儿,我们的advisor问道,有没有人想做生物信息时,我们的脑袋摇得跟货郎鼓似的。估计当时的我怎么也想不到十年后会走上一条程序猿的不归路,但我还是很庆幸我选择了转型。【1】这十年间,我去了不少地方积累经验。先是去到英国,利用斑马鱼、果蝇和哺乳动物细胞作为模型,研究信号转导通路,其间收获了各种基本实验技能。虽然实验过程比较上蹿下跳,但像基本的分子克隆、细胞培养还算马马虎虎。不知是当时申请博士失意,还是自身能力原因,没拿到distinction,不过好在镀了层金。后来回国工作,一番折腾后,选择了的和专业相关的职位。先在北京做了一段时间技术员,后来去了苏州,算是找到了些许落地生根的感觉,当然最终我还是选择继续读书。不知道是我运气不错,还是课题本身,刚进导师实验室的我似乎被委以重任,跟着实验室最资深的博后学单细胞RNA测序技术。虽说之前读书有学过怎么提取DNA,但RNA的话,当时我是一窍不通,甚至快离开英国前还在向一个同学请教怎么做荧光定量PCR(也就是现在大街小巷都熟知的核酸检测)。当时的我,想法很单纯:既然导师愿意在我提交申请三年后给我offer,我不能让导师失望,这也是在我申请的时候对导师许下的诺言。那时做单细胞测序不像现在可以用微流控芯片高通量捕捉细胞,虽然确实有报道说可以用流式细胞仪分单细胞,但同事尝试过多次后均以失败告终,于是唯一可行的办法则是在倒置显微镜的辅助下用微量移液器挑细胞。作为我们那层的一姐,我的导师对单细胞实验要求是非常高的:要有绝对的质量,还要有足够的数量。“You
2020年11月26日