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系统性梳理了一下近三年的单细胞数据处理经验，做成了一个合辑，不可能说是你读完了我的分享就可以发单细胞方面的CNS，但起码可以让你在入门的路上少一点坎坷，新手学习单细胞的99%的问题我都写过教程并且在《生信技能树》和《单细胞天地》了笔记。
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单细胞混样品测序后数据拆分（Cell Hashing技术） 什么，你要测近百个样品的单细胞 两组单细胞样品的不同亚群比例差异的火山图展现 一个单细胞亚群肯定是有多个特异性高表达量基因 对单细胞亚群取子集后继续降维聚类分群该如何做 不同单细胞亚群各自的特征基因也是会有重合的 单细胞亚群的标记基因可以迁移在不同数据集吗 猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因 把基因表达量画在拟时序结果图上 可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法的升级版 两个不同单细胞亚群差异分析，合并一定要做火山图 拟时序分析就是差异分析的细节剖析 单细胞亚群分层级命名并不是我原创 ToppCell Atlas:单细胞分析中针对细胞类型的富集分析 你的单细胞亚群可能并不是真的既有T细胞也有B细胞的标记基因 这个是单细胞混的最惨的一次 为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢 10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq踩坑那些事 徒有虚名的单细胞转录组 多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面 为什么CD4阳性T细胞并不是表达CD4最多的 细分亚群后需要使用harmony去除样品差异 你是喜欢错落有致还是竖立排列整齐 不知道细胞亚群的生物学功能？clusterProfiler来帮你 一个10X样品测8个细胞系 使用harmony等算法去除单细胞样品差异得谨慎 细胞亚群细分的时候仍然是要选择harmony等算法去除样品差异 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)（2021公开课配套笔记） 急！计划招募100个单细胞爱好者，免费学全套单细胞降维聚类分群和生物学亚群注释，仅限今天！ 单细胞亚群合并与提取（2021公开课配套笔记） doplot可视化多个单细胞亚群的多个标记基因（2021公开课配套笔记） 单细胞初探（seurat基础流程）（2021公开课配套笔记） 单细胞混样测序至少可以区分性别 构建seurat对象之初就应该是把基因名字转换好 拟时序分析的10个步骤 fibroblasts和smooth muscle cells在你的单细胞数据集差异明显吗 你的单细胞数据里面能区分出来4种树突细胞吗 单细胞亚群标记基因何止五种可视化方法 你愿意为这样发育不全的生命科学奉献一生吗 细胞亚群为什么一定要有清晰可见的界限 公开课-单细胞数据基础分析 单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键 单细胞转录组下游分析是否有必要删除线粒体和核糖体基因 跑个scenic教程怎么把R搞奔溃了呢？ 细胞亚群注释神器SingleR把它的参考数据库放在了celldex包 惊，完全不同的两个结论居然都发表了 我确实不知道harmony是全球首款性爱机器人 肺的正常上皮细胞可以分成这5群 明码标价之10X转录组原始测序数据的cellranger流程 10X单细胞转录组数据的动态阈值过滤 CAFs到底是两个亚群还是三个呢？ 一篇COVID-19患者支气管肺泡免疫细胞的单细胞亚群标记基因 仅需199的10X单细胞转录组线上培训班火爆来袭 细胞亚群的特异性标记基因也许真的很难 T细胞可以简单分成4类 当你的单细胞亚群都不特异的时候肿么办 可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法 10x单细胞表达矩阵你也敢用Excel打开 m6A联合单细胞解密RNA甲基化修饰如何影响皮肤形态发生过程 亚实性结节和磨玻璃结节肺腺癌单细胞水平的差异如何 谁说单细胞工具一定要应用于单细胞数据呢 Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断 单细胞转录组测序中的批次效应知多少？（上） 3秒完成超大规模单细胞转录组差异表达量分析 10X的单细胞转录组原始数据也可以在EBI下载 单细胞数据挖掘文章代码全放送！！！ 单细胞前沿进展讲座和技术教程分享哪个更受你喜欢 这个20G的单细胞项目数据和代码的压缩包有什么（python数据分析典范） 参考基因组用错了单细胞转录组流程照样可以走通 同样的单细胞研究，为什么发表的文章杂志等级差别那么大 7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费） 单细胞测序数据挖掘和课题设计可以这样学（单细胞测序数据挖掘和课题设计可以这样学） 跟着全网第一个单细胞视频课程和配套习题学是最佳策略 单细胞测序数据挖掘和课题设计 12月7-8日 上海 12月14-15日 北京 肾癌单细胞（逆向收费读文献2019-17） 单细胞有多火呢？七月nature海鞘九月science线虫 在Ubuntu下安装单细胞3大R包 单细胞基因组测序表明TNBC的CNV发展是爆发式的（2020-16） 10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理（逆向收费读文献2019-12） 单细胞转录组探索小鼠性腺发育（逆向收费读文献2020-12） 单细胞转录组下游分析这样报价合理吗？ 单细胞转录组数据分析必读综述 单细胞转录组最好的学习资料都在这里 一些单细胞转录组R包的对象 单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性 Conquer-对单细胞数据差异表达分析的重新审视 单细胞系列停更通知及组建单细胞数据分析交流小组 单细胞转录组3大R包之monocle2 单细胞转录组3大R包之Seurat 单细胞转录组3大R包之scater 比较不同单细胞转录组数据寻找features方法 比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法 比较不同的对单细胞转录组数据normalization方法 比较不同的对单细胞转录组数据聚类的方法 用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切 单细胞转录组数据处理综述 北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法 单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性（图表复现04) 单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性（图表复现03） 单细胞转录组数据分析流程的每一个步骤都值得一个综述 单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性（图表复现01） 单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性（图表复现01） 解决SCENIC流程的多线程问题 从人尿液中筛选单细胞测序实验技术复杂不 发挥如此关键作用的单细胞居然不配出现在正文图表 单细胞转录因子分析之SCENIC流程 对单细胞表达矩阵做gsea分析 人人都能学会的单细胞聚类分群注释 SCENIC转录因子分析结果的解读 细胞通讯分析结果的解读 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析） 细胞通讯分析的背景知识 张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚 读取GEO数据库的单细胞转录组表达矩阵文本文件的一种方式 BRCA1和BRCA2基因敲除小鼠的单细胞转录组 什么，ENA和SRA数据库存放的单细胞转录组测序数据并不一致啊？ 单细胞RT-PCR表达量数据也可以差异分析 10X单细胞转录组的测序数据量这么少是为什么 单细胞转录组测序中的批次效应知多少？（下） 现在单细胞还想“水”CNS恐怕得多组学了 都已经开始挖掘空间单细胞转录组数据了 单细胞初级8讲和高级分析8讲 你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞） 类器官培养效应和单细胞测序效应的区分 你还在花三五万做一个单细胞转录组吗？ 生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包 单细胞转录组数据的个性化分析汇总 拿奖拿到手软的单细胞技术 如果传统bulk转录组数据队列足够大也可以使用单细胞流程 单细胞转录组的肿瘤研究3大应用方向等你来攻克 单细胞基础视频课程结业考核20题 学习使用各种单细胞R包来处理数据 多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包 B站单细胞转录组视频课程学习者笔记全 想仅报名单细胞数据分析学习班，请先独立完成一个R考核题
写在文末
我在《生信技能树》，《生信菜鸟团》，《单细胞天地》的大量推文教程里面共享的代码都是复制粘贴即可使用的， 有任何疑问欢迎留言讨论，也可以发邮件给我，详细描述你遇到的困难的前因后果给我，我的邮箱地址是 jmzeng1314@163.com
如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示：
We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
十年后我环游世界各地的高校以及科研院所（当然包括中国大陆）的时候，如果有这样的情谊，我会优先见你。