scRNAtoolVis 绘制单细胞 Marker 基因均值表达热图

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2023-06-15

收录于合集 #单细胞笔记 21个

你可以选择,已经很好了

1前言

clusterCornerAxes 和 FeatureCornerAxes 函数增加了一个主题背景:

clusterCornerAxes(object = tmp,
                  reduction = 'umap',
                  noSplit = F,
                  groupFacet = 'orig.ident',
                  relLength = 0.5,
                  cornerTextSize = 4,
                  themebg = 'bwCorner')

# umap
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  groupFacet = 'orig.ident',
                  features = c("Actb","Ythdc1"),
                  cornerTextSize = 3,
                  themebg = 'bwCorner')

2引言

前面也有推文写过具体如何提取数据来画,见单细胞亚群 Marker 基因热图重绘及均值展示。自己肯定也需要写好几十行代码才能画出来,于是我写了个函数在 scRNAtoolVis 包里,可以一两行代码完成这个事情,方便很多。

3安装

要想使用新的功能,大家需要重新安装一下这个包就行了:

devtools::install_github('junjunlab/scRNAtoolVis')

library(scRNAtoolVis)

4使用示例

加载测试数据:

# load test data
httest <- system.file("extdata", "htdata.RDS", package = "scRNAtoolVis")
pbmc <- readRDS(httest)
pbmc
# An object of class Seurat
# 13714 features across 2638 samples within 1 assay
# Active assay: RNA (13714 features, 2000 variable features)

# load markergene
markergene <- system.file("extdata", "top5pbmc.markers.csv", package = "scRNAtoolVis")
markers <- read.table(markergene, sep = ',', header = TRUE)

# check
head(markers,3)
#           p_val avg_log2FC pct.1 pct.2     p_val_adj cluster gene
# 1 1.740957e-109   1.069166 0.897 0.593 2.387549e-105       0 LDHB
# 2  1.167632e-83   1.333503 0.435 0.108  1.601290e-79       0 CCR7
# 3  3.284150e-49   1.051275 0.333 0.103  4.503883e-45       0 LEF1

绘图:

提供你的 seurat 对象和筛选好的 marker 基因:

# plot
AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene)
# [1] "Your cluster annotation color is:" "#B969E5FF"
# [3] "#BD94EDFF"                         "#E6C0FBFF"
# [5] "#E477F5FF"                         "#FFC8CEFF"
# [7] "#B8FD8AFF"                         "#7CF8E1FF"
# [9] "#74F6F1FF"                         "#D7FFABFF"

还会打印出 cluster 注释的填充颜色,方便下次绘图可以使用相同的颜色。

改变热图颜色:

htCol 参数接受三个颜色向量:

# change color
AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene,
               htCol = c("#339933", "#FFCC00", "#FF0033"))

改变注释颜色:

因为注释颜色是随机产生的,默认设置了一个 seed,如果你要改颜色可以改变 colseed 参数:

AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene,
               colseed = 127)

注释颜色色调:

annoColType 参数可以改变色调,默认是 light:

AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene,
               annoColType = 'dark') +
  AverageHeatmap(object = pbmc,
                 markerGene = markers$gene,
                 annoColType = 'bright')

注释名称:

group.by 可以按照 metadata 里的信息命名,默认是当前idents:

AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene,
               group.by = 'seurat_clusters')

可以指定自己的注释颜色:

# change annotation color
library("scales")
library(ggsci)

mycol <- hue_pal()(9)
mycol1 <- pal_npg()(9)

# plot
AverageHeatmap(object = pbmc,
               markerGene = markers$gene,
               annoCol = TRUE,
               myanCol = mycol) +
  AverageHeatmap(object = pbmc,
                 markerGene = markers$gene,
                 annoCol = TRUE,
                 myanCol = mycol1)

5参数

下面是函数的参数:

Plot averaged gene expression cross cluster cells
Description
Plot averaged gene expression cross cluster cells

Usage
AverageHeatmap(
  object,
  markerGene,
  group.by = "ident",
  assays = "RNA",
  slot = "data",
  htCol = c("#0099CC", "white", "#CC0033"),
  colseed = 666,
  htRange = c(-2, 0, 2),
  annoColType = "light",
  annoColTypeAlpha = 0,
  row_title = "Cluster top Marker genes",
  row_names_side = "left",
  border = FALSE,
  fontsize = 10,
  column_names_rot = 45
)
Arguments
object
object seurat object.

markerGene
Your marker genes.

group.by
Categories for grouping (e.g, ident, replicate, celltype). 'ident' by default.

assays
Which assays to use. Default is "RNA" assays.

slot
Slot(s) to use. Default is "data"

htCol
Heatmap colors. Default is c("#0099CC", "white", "#CC0033").

colseed
Cluster annotaion colors seed, these colors are produed randomly, so you can give a seed to assure produce same colors. Default is 666.

htRange
Heatmap values range. Default is c(-2, 0, 2).

annoColType
Cluster annotaion colors type (bright, light, dark and random). Default is light.

annoColTypeAlpha
Cluster annotaion colors transparency. Default is 0.

row_title
Heatmap row title. Default is "Cluster top Marker genes".

row_names_side
Heatmap gene name side. Default is "left".

border
Whether to shOw heatmap border. Default is "FALSE".

fontsize
Heatmap gene name fontsize. Default is 10.

column_names_rot
Cluster name rotation. Default is 45.