Bigwig 可视化用 tackPlotR 试试看?

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2023-06-15

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你在鼓楼的夜色中

1引言

写了一个小 R 包 tackPlotR, 用来可视化 bigwig 的,感觉大家需求还挺大的。

地址:

https://github.com/junjunlab/tackPlotR

参考文档:

https://github.com/junjunlab/tackPlotR/wiki

2安装

devtools::install_github('junjunlab/tackPlotR')

# help
?loadBWfile
?plotTrack

3使用介绍

主要分为两步, 读取 bigwig 文件 及绘图。

读取文件

具体怎么分组看你自己:

library(tackPlotR)
library(ggsci)
library(rtracklayer)

# 1.load gtf
gtf <- import.gff('Mus_musculus.GRCm38.102.gtf',format = 'gtf') %>%
  data.frame()

# help
?loadBWfile

file <- c(
  "control.input.bw", "control.ip.bw",
  "t1.input.bw", "t1.ip.bw",
  "t2.input.bw", "t2.ip.bw"
)
samp <- c(
  "control.input", "control.ip",
  "t1.input", "t1.ip",
  "t2.input", "t2.ip"
)
group1 <- c(rep(c("Input", "IP"), 3))
group2 <- c(rep("Control", 2), rep("T1", 2), rep("T2", 2))

# 2.load bw files
allBw <- loadBWfile(file = file, sample = samp, group1 = group1, group2 = group2)

# check
head(allBw,3)

#   seqnames   start     end   score        sample group1  group2
# 1        1       1 3001485  0.0000 control.input  Input Control
# 2        1 3001486 3001490 12.5599 control.input  Input Control
# 3        1 3001491 3001510 25.1199 control.input  Input Control

绘图

基本绘图:

# examples
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "group1",
  facetVars = "sample"
)

修改映射变量:

# change aes variable
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "sample",
  facetVars = "sample"
)

修改 track 颜色:

# change track colors
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "sample",
  facetVars = "sample",
  trackCol = pal_lancet()(6)
)

绘制多个转录本结构, 默认绘制 CDS 和 exon 最长的转录本:

# draw multiple genes
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Tnf",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "group1",
  facetVars = "sample",
  multiple = TRUE,
  myTransId = c("ENSMUST00000025263", "ENSMUST00000167924")
)

修改分面填充颜色:

# change facet fill colors
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "group1",
  addfacetCol = TRUE,
  facetVars = "sample",
  facetFill = pal_d3()(6),
  borderCol = rep("white", 6)
)

添加分面:

# add one facet
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "group1",
  facetVars = c("group2", "group1"),
  addfacetCol = TRUE,
  facetFill = c(pal_d3()(3), pal_npg()(6)),
  borderCol = rep("white", 9)
)

添加多层封面:

# add more one facet
plotTrack(
  gtfFile = gtf,
  gene = "Actb",
  arrowCol = "black",
  bigwigFile = allBw,
  sampleAes = "group1",
  facetVars = c("group2", "group1", "sample"),
  addfacetCol = TRUE,
  facetFill = c(pal_d3()(3), pal_npg()(6), pal_locuszoom()(6)),
  borderCol = rep("white", 15)
)